More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0204 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
452 aa  910    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  56.01 
 
 
456 aa  519  1e-146  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  36.71 
 
 
517 aa  244  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  36.32 
 
 
513 aa  236  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  31.65 
 
 
513 aa  233  6e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33.33 
 
 
515 aa  226  8e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  34.87 
 
 
513 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  36.17 
 
 
502 aa  219  5e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  34.84 
 
 
487 aa  219  7e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  32.29 
 
 
521 aa  211  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  32.62 
 
 
475 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  32.62 
 
 
487 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  32.47 
 
 
469 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  30.64 
 
 
523 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  31.76 
 
 
533 aa  179  1e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.89 
 
 
451 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.82 
 
 
441 aa  147  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  29.9 
 
 
472 aa  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 
484 aa  146  6e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 
441 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  30.95 
 
 
487 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.39 
 
 
489 aa  145  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.35 
 
 
459 aa  142  9e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 
488 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  29.15 
 
 
472 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.13 
 
 
474 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 
520 aa  133  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.86 
 
 
470 aa  130  3e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 
461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.33 
 
 
609 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.06 
 
 
529 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.13 
 
 
608 aa  125  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
503 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.96 
 
 
459 aa  124  5e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 
488 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  27.38 
 
 
495 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.46 
 
 
485 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.89 
 
 
468 aa  120  4.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  29.29 
 
 
439 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  24.24 
 
 
501 aa  117  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.45 
 
 
444 aa  116  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24 
 
 
501 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  28.74 
 
 
609 aa  114  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  28.94 
 
 
490 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  28.64 
 
 
484 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.11 
 
 
612 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  28.81 
 
 
475 aa  113  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 
450 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.6 
 
 
472 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  23.93 
 
 
506 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.95 
 
 
567 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 
506 aa  110  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  27.97 
 
 
475 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  28.71 
 
 
428 aa  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.21 
 
 
569 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  23.57 
 
 
506 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.76 
 
 
567 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.43 
 
 
520 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25.62 
 
 
534 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.43 
 
 
1250 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 
429 aa  108  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  28.35 
 
 
476 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  24.49 
 
 
545 aa  106  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 
428 aa  106  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.61 
 
 
472 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  25.81 
 
 
618 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  29.76 
 
 
598 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.6 
 
 
476 aa  104  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.18 
 
 
608 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 
444 aa  104  4e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.25 
 
 
600 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.48 
 
 
580 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 
445 aa  103  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.66 
 
 
535 aa  103  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.91 
 
 
473 aa  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  27.39 
 
 
446 aa  103  7e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.19 
 
 
473 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.78 
 
 
472 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.85 
 
 
565 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 
564 aa  102  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  28.17 
 
 
428 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.8 
 
 
520 aa  101  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  24.57 
 
 
524 aa  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  29.73 
 
 
488 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.63 
 
 
527 aa  100  6e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25 
 
 
675 aa  100  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  29.54 
 
 
437 aa  100  7e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  26.42 
 
 
475 aa  100  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.16 
 
 
473 aa  99.8  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  23.81 
 
 
487 aa  99.4  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.61 
 
 
476 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  27.03 
 
 
471 aa  98.6  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  29.88 
 
 
473 aa  99  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 
528 aa  99  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 
468 aa  99  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 
426 aa  98.6  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  29.08 
 
 
430 aa  97.8  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  24.28 
 
 
603 aa  98.2  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.09 
 
 
546 aa  97.8  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.25 
 
 
494 aa  97.4  4e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>