More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0861 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  100 
 
 
561 aa  1147    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000604152  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  56.36 
 
 
631 aa  536  1e-151  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  30.34 
 
 
618 aa  164  3e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.48 
 
 
502 aa  144  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  26.78 
 
 
566 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.58 
 
 
520 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 
470 aa  134  5e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 
521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 
507 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.17 
 
 
524 aa  123  9e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.34 
 
 
451 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.18 
 
 
489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  24.26 
 
 
552 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
494 aa  108  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  23.4 
 
 
487 aa  108  4e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
494 aa  108  4e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
533 aa  107  6e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  27.63 
 
 
472 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.55 
 
 
546 aa  102  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.63 
 
 
567 aa  102  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.22 
 
 
494 aa  102  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.22 
 
 
494 aa  102  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 
487 aa  101  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.19 
 
 
485 aa  99.8  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.51 
 
 
546 aa  99  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.29 
 
 
546 aa  99.4  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 
472 aa  97.8  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 
469 aa  96.3  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.9 
 
 
488 aa  96.7  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.67 
 
 
546 aa  95.5  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.52 
 
 
546 aa  95.9  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 
461 aa  95.9  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.31 
 
 
547 aa  93.2  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.13 
 
 
546 aa  93.2  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.54 
 
 
535 aa  93.2  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.66 
 
 
534 aa  93.2  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.13 
 
 
569 aa  93.2  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.51 
 
 
567 aa  93.2  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
487 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.08 
 
 
580 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  24.73 
 
 
603 aa  92  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.89 
 
 
612 aa  90.9  6e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  35.71 
 
 
475 aa  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.25 
 
 
520 aa  88.2  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.25 
 
 
609 aa  87.4  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  23.27 
 
 
547 aa  87.4  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.69 
 
 
558 aa  87  7e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.14 
 
 
512 aa  87  8e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 
489 aa  86.7  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  24.51 
 
 
459 aa  86.7  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  23.49 
 
 
555 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  24.76 
 
 
556 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.56 
 
 
518 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0043  radical SAM domain-containing protein  22.15 
 
 
447 aa  85.1  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0628937  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.34 
 
 
506 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  29.78 
 
 
474 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0043  radical SAM domain-containing protein  21.81 
 
 
447 aa  84.7  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.970198  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  22.87 
 
 
472 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.37 
 
 
516 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 
484 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.7 
 
 
600 aa  84  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.08 
 
 
506 aa  83.6  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  27.31 
 
 
458 aa  84  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  22.86 
 
 
506 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.31 
 
 
565 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
527 aa  83.2  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  22.58 
 
 
501 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.26 
 
 
528 aa  82.4  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.41 
 
 
545 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.85 
 
 
459 aa  81.6  0.00000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.8 
 
 
548 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 
484 aa  81.3  0.00000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 
499 aa  80.9  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.49 
 
 
501 aa  80.5  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  23.27 
 
 
608 aa  80.1  0.00000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  24.92 
 
 
1250 aa  79.7  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  30.29 
 
 
469 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  24.57 
 
 
495 aa  79.7  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.98 
 
 
674 aa  79.7  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  22.09 
 
 
612 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  22.78 
 
 
425 aa  79.3  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.09 
 
 
612 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  22.56 
 
 
503 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  24.56 
 
 
675 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 
723 aa  77.8  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1771  radical SAM domain-containing protein  22.75 
 
 
448 aa  77  0.0000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 
520 aa  77  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  22.88 
 
 
548 aa  76.3  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.89 
 
 
647 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  25.69 
 
 
467 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.87 
 
 
473 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 
609 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  22.66 
 
 
460 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.07 
 
 
608 aa  74.7  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  24.15 
 
 
488 aa  74.7  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  31.98 
 
 
681 aa  74.3  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  25.45 
 
 
563 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  25.33 
 
 
495 aa  73.9  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.04 
 
 
476 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>