More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0247 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
487 aa  984    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  76.01 
 
 
475 aa  752    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  80.6 
 
 
469 aa  790    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  32.62 
 
 
452 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  31.89 
 
 
502 aa  191  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  31.99 
 
 
521 aa  190  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  32.47 
 
 
517 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
513 aa  188  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  29.93 
 
 
456 aa  188  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29 
 
 
515 aa  187  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.55 
 
 
513 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
513 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  28.23 
 
 
523 aa  170  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  30.1 
 
 
487 aa  169  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
451 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 
441 aa  120  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.25 
 
 
533 aa  119  9.999999999999999e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.54 
 
 
441 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 
489 aa  118  3e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.23 
 
 
487 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.59 
 
 
488 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 
472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  29.04 
 
 
472 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 
470 aa  106  8e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.59 
 
 
459 aa  103  5e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.17 
 
 
609 aa  103  5e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.51 
 
 
485 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
529 aa  103  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.07 
 
 
468 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.93 
 
 
473 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.96 
 
 
501 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 
506 aa  99  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  28.48 
 
 
495 aa  99  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.61 
 
 
563 aa  97.4  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 
506 aa  97.1  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 
484 aa  97.1  6e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 
506 aa  96.7  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  35.16 
 
 
631 aa  95.5  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  23.88 
 
 
501 aa  93.6  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.16 
 
 
554 aa  93.6  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  27.62 
 
 
433 aa  92.8  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.06 
 
 
444 aa  92.8  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 
524 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  28.69 
 
 
547 aa  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.95 
 
 
516 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  25.06 
 
 
503 aa  91.7  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.71 
 
 
548 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.76 
 
 
561 aa  90.9  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000604152  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.63 
 
 
580 aa  90.5  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.04 
 
 
558 aa  90.5  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  24.13 
 
 
553 aa  90.5  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 
603 aa  89.4  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25.12 
 
 
446 aa  89.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.35 
 
 
534 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.51 
 
 
567 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 
609 aa  87.8  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 
567 aa  87.8  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.56 
 
 
608 aa  87.4  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
428 aa  87.4  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.68 
 
 
565 aa  87  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.91 
 
 
520 aa  87  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  24.44 
 
 
459 aa  86.7  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 
467 aa  85.9  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.56 
 
 
612 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.69 
 
 
600 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 
520 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
458 aa  85.5  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  22.54 
 
 
461 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  28.47 
 
 
572 aa  84  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.99 
 
 
473 aa  84  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 
497 aa  84  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.58 
 
 
547 aa  83.6  0.000000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  24.1 
 
 
474 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.43 
 
 
535 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  29.07 
 
 
598 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
569 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  26.2 
 
 
608 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  27.56 
 
 
429 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27.18 
 
 
612 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.18 
 
 
612 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  29.12 
 
 
577 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.82 
 
 
546 aa  82  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  27.85 
 
 
430 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.12 
 
 
472 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.53 
 
 
677 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.7 
 
 
528 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
546 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 
573 aa  81.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.76 
 
 
546 aa  81.3  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  26.8 
 
 
461 aa  81.3  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.82 
 
 
546 aa  80.5  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
449 aa  80.5  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.95 
 
 
484 aa  80.1  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  26.47 
 
 
426 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  27.48 
 
 
444 aa  79.3  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  30.71 
 
 
618 aa  79.7  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  32.73 
 
 
434 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
564 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.91 
 
 
461 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.51 
 
 
681 aa  79  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>