More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1178 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
439 aa  918    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  47.04 
 
 
444 aa  387  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  46.23 
 
 
433 aa  355  1e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  41.34 
 
 
444 aa  342  7e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  42.89 
 
 
429 aa  342  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  40.8 
 
 
428 aa  340  4e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  41.27 
 
 
428 aa  329  6e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  41.94 
 
 
430 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  42.69 
 
 
428 aa  318  1e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  39.51 
 
 
434 aa  313  3.9999999999999997e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  40.44 
 
 
426 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  38.07 
 
 
434 aa  299  8e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  39.51 
 
 
433 aa  292  6e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  37.25 
 
 
441 aa  289  8e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  36.52 
 
 
448 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  38.73 
 
 
445 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  36.18 
 
 
446 aa  281  1e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  35.06 
 
 
449 aa  278  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  36.17 
 
 
471 aa  270  5e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  36.17 
 
 
471 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  35.5 
 
 
462 aa  268  1e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  36.21 
 
 
471 aa  268  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  37.84 
 
 
486 aa  268  1e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  36.77 
 
 
490 aa  265  1e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  35.55 
 
 
477 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  36.36 
 
 
477 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  35.18 
 
 
471 aa  252  1e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  34.47 
 
 
483 aa  247  3e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  33.98 
 
 
459 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  33.09 
 
 
470 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  33.1 
 
 
477 aa  236  6e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
471 aa  233  3e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  34.05 
 
 
467 aa  233  6e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  31.87 
 
 
475 aa  231  1e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.08 
 
 
478 aa  229  7e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  29.84 
 
 
476 aa  226  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  30.57 
 
 
472 aa  226  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  32.62 
 
 
469 aa  226  9e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.49 
 
 
461 aa  225  2e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.49 
 
 
465 aa  224  2e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  31.61 
 
 
474 aa  224  2e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.17 
 
 
479 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.3 
 
 
471 aa  223  7e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  31.83 
 
 
480 aa  222  8e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.67 
 
 
462 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  32.46 
 
 
467 aa  221  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  30.66 
 
 
473 aa  216  7e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  31.9 
 
 
469 aa  216  7e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 
422 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  32.54 
 
 
468 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  30.93 
 
 
469 aa  213  7e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 
468 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  31.35 
 
 
512 aa  210  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  29.18 
 
 
465 aa  207  3e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  29.08 
 
 
462 aa  207  4e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.07 
 
 
472 aa  205  1e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.29 
 
 
466 aa  204  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 
520 aa  203  6e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  31.52 
 
 
504 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
468 aa  199  7.999999999999999e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  31.62 
 
 
468 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  32.12 
 
 
502 aa  195  1e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  31.18 
 
 
509 aa  192  7e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  30.61 
 
 
498 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  32.59 
 
 
504 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.18 
 
 
461 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 
500 aa  190  4e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  30.75 
 
 
504 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  30.48 
 
 
501 aa  189  7e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  30.18 
 
 
503 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  28.96 
 
 
468 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  29.55 
 
 
502 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  29.92 
 
 
527 aa  183  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  29.66 
 
 
503 aa  182  1e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 
503 aa  181  2e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  28.92 
 
 
529 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
498 aa  179  7e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  30.73 
 
 
493 aa  178  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  31.3 
 
 
448 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 
490 aa  173  5.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  28.34 
 
 
600 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  29.81 
 
 
533 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 
523 aa  170  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
445 aa  167  4e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  28.47 
 
 
532 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  26 
 
 
522 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 
525 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
444 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
444 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  29.34 
 
 
546 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 
459 aa  158  2e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  32.11 
 
 
450 aa  157  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.3 
 
 
522 aa  157  5.0000000000000005e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  27.12 
 
 
533 aa  156  8e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  26.95 
 
 
529 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  26.18 
 
 
529 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 
529 aa  153  5.9999999999999996e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.39 
 
 
441 aa  153  8e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.11 
 
 
441 aa  152  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.27 
 
 
524 aa  151  3e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>