71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2905 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2905  Tfp pilus assembly protein FimT  100 
 
 		 212 aa  429  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.538943 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2522  methylation  32.06 
 
 		 179 aa  101  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2664  fimbrial biogenesis protein  31.03 
 
 		 178 aa  92.4  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470161  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3040  general secretion pathway protein H  31.4 
 
 		 177 aa  87  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.504644  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3404  fimbrial biogenesis protein  33.67 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  38.46 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08256  pili retraction protein PilT  30.61 
 
 		 192 aa  53.5  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1864  pilus assembly protein  34.43 
 
 		 172 aa  53.1  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  44.64 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  42.11 
 
 		 214 aa  52.8  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0233  type IV pilin protein  32.89 
 
 		 152 aa  51.2  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  38.04 
 
 		 214 aa  51.2  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0385  putative type IV pilin  29.3 
 
 		 184 aa  50.1  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.84 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004287  type 4 fimbrial biogenesis protein FimT  40.35 
 
 		 168 aa  49.7  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2447  hypothetical protein  33 
 
 		 186 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2534  N-terminal methylation site-containing protein  27.66 
 
 		 185 aa  49.3  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  39.44 
 
 		 174 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  40 
 
 		 203 aa  49.3  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  40.98 
 
 		 162 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2552  hypothetical protein  38.98 
 
 		 185 aa  48.5  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  38.98 
 
 		 187 aa  48.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  39.73 
 
 		 192 aa  48.5  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0262  putative pilin protein FimT  36.07 
 
 		 155 aa  48.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.691948 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  39.29 
 
 		 157 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0783  general secretion pathway protein H  40.68 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0853  pilin, putative  33.33 
 
 		 144 aa  47  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  41.07 
 
 		 175 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  32.79 
 
 		 181 aa  46.2  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  37.84 
 
 		 164 aa  45.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0646  hypothetical protein  39.68 
 
 		 168 aa  46.2  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0715  pillin, putative  25 
 
 		 157 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  41.67 
 
 		 170 aa  45.8  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  34.48 
 
 		 144 aa  45.4  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  34.48 
 
 		 144 aa  45.4  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  37.29 
 
 		 192 aa  45.4  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0670  hypothetical protein  31.34 
 
 		 171 aa  45.1  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.177225  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0777  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  22.92 
 
 		 185 aa  45.1  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0829  methylation site containing protein  36.92 
 
 		 145 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3425  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 144 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1302  general secretion pathway protein H  34.33 
 
 		 148 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0108223 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0767  hypothetical protein  31.18 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130879 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0486  pilin assembly protein  30 
 
 		 167 aa  44.7  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00295768  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  32.79 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  37.5 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  40 
 
 		 172 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  32.2 
 
 		 171 aa  43.9  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1056  hypothetical protein  37.31 
 
 		 169 aa  43.9  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3664  general secretion pathway protein H  32.81 
 
 		 162 aa  43.9  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  32.86 
 
 		 162 aa  43.9  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  33.33 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  25.79 
 
 		 157 aa  43.1  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2929  general secretion pathway protein H  28.57 
 
 		 188 aa  42.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0657  hypothetical protein  33.78 
 
 		 151 aa  43.5  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.385115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.59 
 
 		 172 aa  43.5  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  25.69 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2909  pilus assembly protein  33.9 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256003  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0971  general secretion pathway protein H  33.82 
 
 		 173 aa  42.7  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  31 
 
 		 171 aa  42.4  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0852  methylation site containing protein  35.48 
 
 		 145 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.992733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  27.96 
 
 		 186 aa  42.4  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2678  hypothetical protein  35.53 
 
 		 167 aa  41.6  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000820261 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0864  methylation site containing protein  35.38 
 
 		 145 aa  42  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.43 
 
 		 164 aa  41.6  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.43 
 
 		 164 aa  41.6  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.43 
 
 		 164 aa  41.6  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0500  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.11 
 
 		 218 aa  41.6  0.009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  35.59 
 
 		 161 aa  41.6  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  33.9 
 
 		 163 aa  41.6  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.43 
 
 		 164 aa  41.6  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  33.93 
 
 		 192 aa  41.6  0.01  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>