More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1082 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4079  sensor histidine kinase/response regulator  51.51 
 
 
1161 aa  1169    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2001  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.02 
 
 
1121 aa  877    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3691  histidine kinase  44.86 
 
 
1071 aa  853    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00879  two-component hybrid sensor and regulator  41.19 
 
 
1100 aa  861    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3065  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.54 
 
 
1128 aa  970    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1446  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  60.57 
 
 
1131 aa  1404    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.705679  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1082  histidine kinase  100 
 
 
1220 aa  2455    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0592  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.86 
 
 
1113 aa  980    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0114606 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0670  sensor histidine kinase/response regulator  69.43 
 
 
1170 aa  1597    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.315036  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0653  sensor histidine kinase  47.3 
 
 
1124 aa  1019    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.450749  normal  0.469118 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0975  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.5 
 
 
1130 aa  1013    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537982 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1730  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  62.61 
 
 
1195 aa  1452    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.479441  normal  0.752594 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4239  histidine kinase  64.74 
 
 
1211 aa  1487    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.75 
 
 
1122 aa  1063    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0612415  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3868  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.97 
 
 
1127 aa  999    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0219  histidine kinase  46.13 
 
 
1166 aa  931    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.803779  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3398  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  64.91 
 
 
1202 aa  1518    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.613847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3382  ATPase domain-containing protein  44.86 
 
 
1071 aa  853    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525319  normal  0.740946 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2976  two-component hybrid sensor and regulator  47.39 
 
 
1132 aa  1003    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.210238 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1762  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  56.03 
 
 
1146 aa  1316    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.468259  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.7 
 
 
1127 aa  1071    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1353  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  66.23 
 
 
1197 aa  1544    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1712  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  50.21 
 
 
1173 aa  1043    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0980923  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3146  histidine kinase  48.24 
 
 
1140 aa  991    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.353593  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3865  ATP-binding region, ATPase-like  46.67 
 
 
1122 aa  1049    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0978  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  65.83 
 
 
1175 aa  1502    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3320  histidine kinase  44.15 
 
 
1128 aa  964    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.515444 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5513  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.81 
 
 
1124 aa  928    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168644  normal  0.269782 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3731  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.57 
 
 
1140 aa  1026    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4180  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.08 
 
 
1126 aa  964    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0796198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3573  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.32 
 
 
1120 aa  899    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0961  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.35 
 
 
1154 aa  899    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.544458  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2985  fused histidine kinase sensor/response regulator  43.35 
 
 
1121 aa  938    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.446873 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5667  histidine kinase  48.74 
 
 
1140 aa  1029    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1586  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.31 
 
 
1178 aa  1101    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.830805  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4637  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.57 
 
 
1140 aa  1026    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.619414  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3498  two component sensor kinase  44.89 
 
 
1125 aa  956    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3525  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  64.43 
 
 
1197 aa  1462    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1442  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.56 
 
 
1122 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3586  sensor histidine kinase/response regulator  48.99 
 
 
1153 aa  1055    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1894  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.98 
 
 
1085 aa  553  1e-155  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.82 
 
 
555 aa  538  1e-151  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6438  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  50.09 
 
 
573 aa  525  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.54597 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
874 aa  464  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0610  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin family protein  43.21 
 
 
568 aa  428  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1280  hypothetical protein  44.97 
 
 
596 aa  421  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.961931  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0985  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.14 
 
 
575 aa  392  1e-107  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012046 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3405  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.17 
 
 
570 aa  384  1e-105  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.286515  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 
922 aa  313  1e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13491  integral membrane protein  38.98 
 
 
443 aa  307  9.000000000000001e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.134076 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  37.01 
 
 
2051 aa  304  8.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 
1323 aa  300  8e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  37.6 
 
 
1323 aa  293  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 
939 aa  293  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3975  Cache sensor hybrid histidine kinase  37.45 
 
 
811 aa  285  3.0000000000000004e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000222358  hitchhiker  0.00723661 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1117  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
770 aa  285  5.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6560  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.36 
 
 
720 aa  282  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441976  normal  0.646619 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2508  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
784 aa  279  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.033945 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 
721 aa  279  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4154  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
750 aa  275  5.000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.22479  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3211  histidine kinase  36.85 
 
 
781 aa  274  7e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.306218  normal  0.65795 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6547  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.37 
 
 
865 aa  273  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.325935 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.97 
 
 
989 aa  256  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0808  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
929 aa  255  3e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1855  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
1285 aa  253  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 
989 aa  252  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 
935 aa  251  8e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.851477 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 
1058 aa  247  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.41 
 
 
1002 aa  246  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0848  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.16 
 
 
844 aa  246  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.41 
 
 
1002 aa  246  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0819  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.16 
 
 
844 aa  246  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
1611 aa  244  5e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4225  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 
1322 aa  244  9e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 
1578 aa  243  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2148  Cache sensor hybrid histidine kinase  31.98 
 
 
937 aa  242  4e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  36.55 
 
 
800 aa  239  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4464  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 
945 aa  239  3e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1719  histidine kinase  39.46 
 
 
1257 aa  238  5.0000000000000005e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0583268  normal  0.402469 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.4 
 
 
1090 aa  238  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1664  histidine kinase  37.23 
 
 
530 aa  238  6e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.586003  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2699  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 
1099 aa  234  7.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117538 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 
1090 aa  233  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2174  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
633 aa  231  7e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.634157  normal  0.649523 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.97 
 
 
674 aa  231  7e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.41 
 
 
1002 aa  229  2e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2218  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 
1070 aa  229  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0765203 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0072  histidine kinase  32.63 
 
 
810 aa  224  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3135  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 
1187 aa  221  5e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
1659 aa  220  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3277  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.01 
 
 
741 aa  220  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
1068 aa  219  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
1199 aa  219  2.9999999999999998e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1874  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 
575 aa  218  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.807127  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3686  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  33.95 
 
 
620 aa  218  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.926172  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  36.24 
 
 
882 aa  218  5.9999999999999996e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.88 
 
 
791 aa  218  5.9999999999999996e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3846  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.42 
 
 
860 aa  218  8e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 
803 aa  217  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 
841 aa  215  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>