64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1280 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0610  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin family protein  71.8 
 
 
568 aa  765    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1280  hypothetical protein  100 
 
 
596 aa  1207    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.961931  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0985  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  73.54 
 
 
575 aa  796    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012046 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3405  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  83.24 
 
 
570 aa  900    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.286515  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13491  integral membrane protein  68.72 
 
 
443 aa  599  1e-170  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.134076 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6438  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  53.99 
 
 
573 aa  551  1e-155  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.54597 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  51.12 
 
 
555 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4079  sensor histidine kinase/response regulator  45.3 
 
 
1161 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3398  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  44.51 
 
 
1202 aa  443  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.613847  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1446  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  42.75 
 
 
1131 aa  437  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.705679  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1082  histidine kinase  44.99 
 
 
1220 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0670  sensor histidine kinase/response regulator  44.08 
 
 
1170 aa  438  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.315036  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.26 
 
 
1127 aa  436  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1762  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.54 
 
 
1146 aa  435  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.468259  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2976  two-component hybrid sensor and regulator  42.34 
 
 
1132 aa  430  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.210238 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1353  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.81 
 
 
1197 aa  432  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3525  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.13 
 
 
1197 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4239  histidine kinase  42.18 
 
 
1211 aa  426  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0978  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.23 
 
 
1175 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1730  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.39 
 
 
1195 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.479441  normal  0.752594 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.17 
 
 
1122 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0612415  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3731  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 
1140 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5667  histidine kinase  41.73 
 
 
1140 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4637  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 
1140 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.619414  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3865  ATP-binding region, ATPase-like  41.02 
 
 
1122 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3868  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.11 
 
 
1127 aa  409  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3586  sensor histidine kinase/response regulator  44.66 
 
 
1153 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1442  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 
1122 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1894  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.42 
 
 
1085 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1712  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  44.36 
 
 
1173 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0980923  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0653  sensor histidine kinase  42.83 
 
 
1124 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.450749  normal  0.469118 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3146  histidine kinase  46.25 
 
 
1140 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.353593  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0219  histidine kinase  43.7 
 
 
1166 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.803779  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00879  two-component hybrid sensor and regulator  40.93 
 
 
1100 aa  397  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1586  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.45 
 
 
1178 aa  398  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.830805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2985  fused histidine kinase sensor/response regulator  39.96 
 
 
1121 aa  397  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.446873 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2001  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.6 
 
 
1121 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3320  histidine kinase  41.26 
 
 
1128 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.515444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0975  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 
1130 aa  382  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537982 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3065  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.78 
 
 
1128 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3573  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.02 
 
 
1120 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3498  two component sensor kinase  40.47 
 
 
1125 aa  375  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0592  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.81 
 
 
1113 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0114606 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4180  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.77 
 
 
1126 aa  365  1e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0796198 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0961  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1154 aa  360  3e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.544458  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5513  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
1124 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168644  normal  0.269782 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3691  histidine kinase  41.78 
 
 
1071 aa  340  4e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3382  ATPase domain-containing protein  41.78 
 
 
1071 aa  340  4e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525319  normal  0.740946 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
874 aa  314  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13490  transmembrane protein  69.52 
 
 
110 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0601054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4598  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  27.22 
 
 
493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.11 
 
 
445 aa  72  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.9 
 
 
441 aa  63.2  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.79 
 
 
431 aa  60.8  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.15 
 
 
431 aa  57.8  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3367  putative cytosine permease  26.74 
 
 
439 aa  56.6  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130336  normal  0.0781791 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  25.65 
 
 
455 aa  55.5  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.06 
 
 
438 aa  53.1  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0426  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.64 
 
 
448 aa  50.8  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203282  normal  0.440595 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2380  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.35 
 
 
432 aa  47.4  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.87122  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3201  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.04 
 
 
424 aa  45.1  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0413  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.11 
 
 
432 aa  44.3  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6019  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25 
 
 
480 aa  43.9  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213946  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  21.26 
 
 
438 aa  43.9  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>