97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1002 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1002  glycosyl hydrolase family 25  100 
 
 		 331 aa  689    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1135  phage lysin-like lysozyme M1  40.08 
 
 		 411 aa  177  2e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00113309  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0206  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  44.61 
 
 		 669 aa  153  4e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1416  glycoside hydrolase family 25  31 
 
 		 574 aa  82  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1718  glycoside hydrolase family 25  28.1 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3550  glycoside hydrolase family 25  27.83 
 
 		 372 aa  67  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0276847  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0562  glycoside hydrolase family protein  32.37 
 
 		 496 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6068  glycoside hydrolase family protein  30.65 
 
 		 399 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.646816 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4370  glycoside hydrolase family 25  25.35 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.241431 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3565  glycoside hydrolase family protein  27.62 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3248  glycoside hydrolase family protein  27.62 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226396  normal  0.397621 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5518  glycoside hydrolase family protein  23.94 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.198571 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2674  glycoside hydrolase family protein  27.72 
 
 		 829 aa  62  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4267  glycoside hydrolase family 25  24.88 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.426328  normal  0.720209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3899  glycoside hydrolase family protein  24.88 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.496651  normal  0.126944 
 
 
-
 
NC_004310  BR1447  glycosy hydrolase family protein  24.88 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0934288  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1403  glycosy hydrolase family protein  24.88 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11290  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  28.43 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1519  glycoside hydrolase family 25  27.5 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140087  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6080  glycoside hydrolase family 25  24.88 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0369  glycosy hydrolase family protein  30 
 
 		 342 aa  59.7  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2530  glycoside hydrolase family protein  24.88 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0962  glycosy hydrolase family protein  26.98 
 
 		 272 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2615  glycoside hydrolase family 25  25.93 
 
 		 265 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3244  glycoside hydrolase family 25  29.24 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0027526  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1726  glycoside hydrolase family protein  24.41 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2875  glycoside hydrolase family 25  25.93 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.737468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2238  glycosy hydrolase family protein  26.98 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1555  glycoside hydrolase family 25  26.98 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5362  glycoside hydrolase family protein  24.41 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0600932 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1545  glycoside hydrolase family protein  26.98 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3081  glycosyl hydrolase family 25  26.98 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.150513 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1439  glycoside hydrolase family 25  25 
 
 		 340 aa  57  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01994  hypothetical protein  26.98 
 
 		 272 aa  57  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1136  glycosyl hydrolase family 25  26.98 
 
 		 272 aa  57  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.284707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02030  predicted hydrolase  26.98 
 
 		 272 aa  57  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2390  glycosy hydrolase family protein  26.98 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2409  Lysozyme  28.76 
 
 		 935 aa  56.2  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.20099 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37940  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  29.88 
 
 		 287 aa  55.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.530239 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3156  hypothetical protein  26.09 
 
 		 263 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3491  glycoside hydrolase family protein  23.81 
 
 		 355 aa  53.9  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.54069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6874  Lysozyme  30.05 
 
 		 282 aa  54.3  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5378  lysozyme  43.59 
 
 		 323 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.214737 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2025  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 263 aa  54.3  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.390893  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0635  glycoside hydrolase family protein  24.29 
 
 		 334 aa  53.9  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6875  Lysozyme  31.36 
 
 		 262 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5643  glycoside hydrolase family 25  26 
 
 		 335 aa  53.5  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1615  glycoside hydrolase family protein  27.31 
 
 		 335 aa  52.8  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.246289 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2112  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 261 aa  53.1  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1568  glycosy hydrolase family protein  27.04 
 
 		 342 aa  52.8  0.000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00668816  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08969  conserved hypothetical protein  26.51 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0249783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0973  glycosy hydrolase family protein  27.04 
 
 		 342 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0331893  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0050  autolytic lysozyme  27.04 
 
 		 342 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000251192  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1892  glycoside hydrolase family 25  23.47 
 
 		 345 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101469  hitchhiker  0.00660268 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3414  glycoside hydrolase family 25  28.64 
 
 		 252 aa  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.299944  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2919  glycosyl hydrolase/lysozyme  25.23 
 
 		 267 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2097  glycoside hydrolase family 25  23.47 
 
 		 348 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.319373  normal  0.427488 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6054  Lysozyme  30.56 
 
 		 241 aa  50.1  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3501  lysozyme  24.07 
 
 		 245 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3219  hypothetical protein  24.07 
 
 		 245 aa  50.4  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0169574  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3246  lysozyme  24.07 
 
 		 245 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0552662  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4990  glycoside hydrolase family protein  24.76 
 
 		 333 aa  50.1  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.427565  hitchhiker  0.00324105 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1567  family 25 glycoside hydrolase  28.41 
 
 		 240 aa  49.7  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.606598 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1363  glycoside hydrolase family 25  26.87 
 
 		 251 aa  49.7  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0485  prophage lambdaba04, glycosyl hydrolase family protein 25  23.14 
 
 		 265 aa  49.3  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0460  prophage LambdaBa04, glycosyl hydrolase family protein 25  23.14 
 
 		 265 aa  49.3  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.186644  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3364  glycoside hydrolase family protein  29.41 
 
 		 348 aa  49.3  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000457616  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0305  glycoside hydrolase family 25  23.08 
 
 		 320 aa  49.3  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.655151 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2740  glycoside hydrolase family 25  26.96 
 
 		 259 aa  48.9  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.302627  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2185  glycoside hydrolase family protein  25.35 
 
 		 260 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29030  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  28.29 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.488385 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06470  N,O-diacetylmuramidasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZ10]  30.3 
 
 		 216 aa  48.1  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981734  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3785  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.32 
 
 		 348 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1529  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.68 
 
 		 348 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0110993 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2532  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.83 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00849711  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2805  glycosy hydrolase family protein  23.83 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2632  glycoside hydrolase family 25  24.3 
 
 		 268 aa  47.8  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2615  glycosy hydrolase family protein  23.83 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0379102  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2813  putative glycosyl hydrolase, family 25  23.83 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000152496 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30340  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  32.81 
 
 		 294 aa  47.8  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3713  glycosy hydrolase family protein  29.68 
 
 		 348 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.575815  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0797  glycoside hydrolase family 25  25.36 
 
 		 255 aa  46.6  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.140444 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2356  glycoside hydrolase family 25  27.54 
 
 		 297 aa  46.6  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000423175  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15700  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  25.47 
 
 		 266 aa  46.2  0.0008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2931  glycoside hydrolase family protein  23.35 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000727334  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0487  glycosy hydrolase family protein  21.9 
 
 		 329 aa  45.4  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0425  glycosy hydrolase family protein  21.8 
 
 		 363 aa  45.4  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6620  Lysozyme  39.73 
 
 		 291 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0695  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  29 
 
 		 310 aa  45.4  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0632  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  29 
 
 		 310 aa  45.4  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3109  glycoside hydrolase family protein  21.57 
 
 		 628 aa  44.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0595324  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0703  glycoside hydrolase family 25  25.87 
 
 		 257 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.356119  normal  0.422369 
 
 
-
 
NC_002936  DET1070  endolysin, putative  26.43 
 
 		 491 aa  43.9  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.898366  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2564  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.32 
 
 		 268 aa  43.9  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0333494  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0555  glycoside hydrolase family 25  40.45 
 
 		 380 aa  43.1  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5377  Lysozyme  37.33 
 
 		 250 aa  43.1  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.27763 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4364  glycoside hydrolase family 25  21.65 
 
 		 278 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>