More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0350 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0350  ribonuclease HII  100 
 
 		 247 aa  509  1e-143  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1022  ribonuclease HII  49.1 
 
 		 279 aa  239  2e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.663325  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10050  ribonuclease HII  43.15 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.1973  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2476  ribonuclease HII  38.43 
 
 		 221 aa  144  9e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0918976  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2145  ribonuclease HII  38.37 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0734757  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1405  Ribonuclease H  37.65 
 
 		 262 aa  139  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0284601 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1476  Ribonuclease H  37.96 
 
 		 279 aa  138  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.11636  normal  0.0427628 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2216  ribonuclease HII  35.6 
 
 		 260 aa  135  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000227744 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3130  Ribonuclease H  36.86 
 
 		 244 aa  130  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00152106  normal  0.115536 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1173  Ribonuclease H  40.98 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3319  Ribonuclease H  37.93 
 
 		 232 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.199835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0991  Ribonuclease H  36.36 
 
 		 303 aa  126  3e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000212387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  33.77 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23690  ribonuclease HII  37.35 
 
 		 246 aa  118  7.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.777056  normal  0.21875 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  33.19 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2783  ribonuclease HII  31.93 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11120  ribonuclease HII  36.91 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0695158  normal  0.170747 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9289  Ribonuclease H  35.59 
 
 		 222 aa  115  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0430  ribonuclease HII  35.91 
 
 		 185 aa  115  6e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1591  Ribonuclease H  36.6 
 
 		 250 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000306759  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  35.27 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2563  ribonuclease HII  31.62 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00091403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  35.15 
 
 		 229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  33.76 
 
 		 206 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2534  Ribonuclease H  35.48 
 
 		 273 aa  112  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.972855  normal  0.308126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  33.05 
 
 		 210 aa  112  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1678  ribonuclease HII  32.88 
 
 		 272 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.652859  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  33.61 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1991  Ribonuclease H  30.56 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057081  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0342  ribonuclease HII  37.16 
 
 		 184 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0247134  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  33.33 
 
 		 242 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1960  ribonuclease HII  32.13 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.317166  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  34.7 
 
 		 191 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0879  ribonuclease HII  30.67 
 
 		 215 aa  109  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106841 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0189  Ribonuclease H  32.03 
 
 		 197 aa  108  8.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.682381  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2400  ribonuclease HII  34.91 
 
 		 254 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105442  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  33.33 
 
 		 202 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  33.33 
 
 		 202 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1834  Ribonuclease H  31.9 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0349833 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  34.03 
 
 		 212 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  29.8 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0388  ribonuclease HII  32.51 
 
 		 222 aa  107  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.49671  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09220  ribonuclease HII  36.21 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.224581  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  31.11 
 
 		 199 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  33.05 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  31.17 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0010  ribonuclease HII  34.48 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000542544  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2218  ribonuclease HII  30.04 
 
 		 209 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1971  Ribonuclease H  35.75 
 
 		 182 aa  105  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0578493  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  32.03 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  32.77 
 
 		 214 aa  105  8e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2705  ribonuclease H  34.03 
 
 		 253 aa  105  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  34.22 
 
 		 198 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  34.45 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0706  ribonuclease HII  33.47 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  31.98 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  31.78 
 
 		 206 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  31.88 
 
 		 230 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0765  ribonuclease HII  32.2 
 
 		 253 aa  103  2e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.587559  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1554  ribonuclease H  32.2 
 
 		 307 aa  103  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0977063 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0016  ribonuclease HII  35 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0414  ribonuclease H  33.03 
 
 		 215 aa  103  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0129425  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0386  ribonuclease HII  33.61 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0717  ribonuclease HII  33.77 
 
 		 255 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00641691  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  31.06 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  32.9 
 
 		 256 aa  102  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  32.64 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1282  ribonuclease HII  34.7 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000227459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0507  ribonuclease HII  32.92 
 
 		 220 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.140576  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_686  ribonuclease HII  32.2 
 
 		 211 aa  102  7e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0780  ribonuclease HII  32.2 
 
 		 211 aa  102  8e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07010  ribonuclease HII  35.14 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000706526  normal  0.43338 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3847  Ribonuclease H  35.16 
 
 		 208 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.297829  normal  0.541693 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3253  ribonuclease HII  33.19 
 
 		 240 aa  100  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  30 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0812  ribonuclease HII  33.62 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000539552  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0398  ribonuclease HII  32.51 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1335  ribonuclease HII  32.11 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0482  ribonuclease HII  34.93 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  33.18 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0736  ribonuclease HII  33.33 
 
 		 201 aa  100  3e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  33.18 
 
 		 201 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  30.51 
 
 		 212 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1303  ribonuclease HII  32.03 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00555633  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1068  ribonuclease HII  35.45 
 
 		 195 aa  99.8  4e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1328  ribonuclease HII  32.03 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.506161  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0986  ribonuclease H  33.19 
 
 		 241 aa  99.8  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.216437 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  34.48 
 
 		 204 aa  99.4  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  30.51 
 
 		 212 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  32.08 
 
 		 308 aa  99  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0920  ribonuclease HII  30.74 
 
 		 255 aa  98.6  7e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19431  ribonuclease HII  35.45 
 
 		 195 aa  98.6  8e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0083  ribonuclease HII  34.84 
 
 		 183 aa  98.6  8e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  32.91 
 
 		 268 aa  98.6  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0667  ribonuclease H  32.37 
 
 		 221 aa  98.2  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.368068  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0009  ribonuclease HII  33.04 
 
 		 191 aa  98.2  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16251  ribonuclease HII  30.8 
 
 		 196 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16821  ribonuclease HII  31.67 
 
 		 209 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1596  Ribonuclease H  31.62 
 
 		 208 aa  97.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0869663 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  33.18 
 
 		 213 aa  98.2  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>