More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0083 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0083  ribonuclease HII  100 
 
 		 183 aa  370  1e-102  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0010  ribonuclease HII  64.16 
 
 		 191 aa  217  7e-56  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000542544  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0342  ribonuclease HII  60.69 
 
 		 184 aa  208  3e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0247134  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1765  ribonuclease HII  56.91 
 
 		 183 aa  203  9e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0654906  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0009  ribonuclease HII  63.58 
 
 		 191 aa  200  7e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0036  ribonuclease HII  63.58 
 
 		 191 aa  200  7e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00659063  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0430  ribonuclease HII  57.06 
 
 		 185 aa  194  6e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0016  ribonuclease HII  52.15 
 
 		 189 aa  187  5e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0280  ribonuclease HII  52.57 
 
 		 188 aa  183  1.0000000000000001e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.259622  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1971  Ribonuclease H  51.38 
 
 		 182 aa  179  1e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0578493  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  45.81 
 
 		 202 aa  138  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  45.81 
 
 		 202 aa  138  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1910  ribonuclease HII  45.81 
 
 		 216 aa  136  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1547  ribonuclease HII  43.08 
 
 		 198 aa  132  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.040973  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1335  ribonuclease HII  41.33 
 
 		 245 aa  126  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  43.5 
 
 		 208 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  42.37 
 
 		 204 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  41.81 
 
 		 240 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  42.16 
 
 		 211 aa  125  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  43.78 
 
 		 212 aa  124  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  39.44 
 
 		 218 aa  123  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1272  ribonuclease H  43.43 
 
 		 207 aa  122  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07010  ribonuclease HII  37.77 
 
 		 262 aa  122  3e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000706526  normal  0.43338 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  41.71 
 
 		 203 aa  122  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  39.77 
 
 		 197 aa  121  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  43.02 
 
 		 203 aa  120  8e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  40.78 
 
 		 198 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  41.24 
 
 		 235 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  38.42 
 
 		 226 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_6711  predicted protein  36.96 
 
 		 189 aa  120  9.999999999999999e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00445618  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  40.56 
 
 		 198 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0668  ribonuclease H  41.81 
 
 		 199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0544972  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  39.34 
 
 		 205 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  39.66 
 
 		 236 aa  119  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  41.48 
 
 		 206 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  40.91 
 
 		 198 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  40.91 
 
 		 198 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  40.91 
 
 		 198 aa  118  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  41.81 
 
 		 218 aa  117  7e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0012  ribonuclease HII  40.7 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0012  ribonuclease HII  40.7 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  41.11 
 
 		 198 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  40.45 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  38.64 
 
 		 207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  39.2 
 
 		 207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  39.77 
 
 		 213 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  38.64 
 
 		 207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  41.3 
 
 		 211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  41.67 
 
 		 242 aa  115  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0018  ribonuclease HII  38.5 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000692909  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  38.76 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  39.2 
 
 		 198 aa  115  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  39.77 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  39.2 
 
 		 198 aa  115  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1834  Ribonuclease H  38.86 
 
 		 228 aa  115  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0349833 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  39.2 
 
 		 198 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  41.81 
 
 		 208 aa  115  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  39.44 
 
 		 198 aa  115  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  42.05 
 
 		 199 aa  114  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2783  ribonuclease HII  34.22 
 
 		 227 aa  114  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1375  ribonuclease HII  40.22 
 
 		 198 aa  114  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000308633  normal  0.450716 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  40.11 
 
 		 209 aa  114  6.9999999999999995e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  40.11 
 
 		 209 aa  114  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  40 
 
 		 206 aa  114  7.999999999999999e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  40.54 
 
 		 214 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2563  ribonuclease HII  34.95 
 
 		 224 aa  114  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00091403  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  40.56 
 
 		 198 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  40.56 
 
 		 198 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  38.64 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1505  ribonuclease H  35.05 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  40.56 
 
 		 198 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  42.54 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1324  ribonuclease HII  39.89 
 
 		 191 aa  112  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0912  ribonuclease HII  34.42 
 
 		 287 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.976691 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0914  ribonuclease HII  37.91 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211389 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  41.48 
 
 		 193 aa  112  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  39.66 
 
 		 232 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  39.11 
 
 		 232 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  38.89 
 
 		 214 aa  112  4.0000000000000004e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  39.55 
 
 		 198 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  39.55 
 
 		 198 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1327  ribonuclease HII  39.33 
 
 		 191 aa  111  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  40.56 
 
 		 198 aa  111  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3310  Ribonuclease H  41.38 
 
 		 207 aa  111  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  39.2 
 
 		 218 aa  111  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  39.66 
 
 		 198 aa  111  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  39.66 
 
 		 198 aa  111  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  40.34 
 
 		 217 aa  110  8.000000000000001e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  39.55 
 
 		 198 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1839  ribonuclease HII  36.9 
 
 		 196 aa  110  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.010294  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  39.2 
 
 		 199 aa  110  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  39.55 
 
 		 198 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  39.55 
 
 		 198 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  39.2 
 
 		 256 aa  110  9e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  37.5 
 
 		 208 aa  110  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  42.31 
 
 		 308 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1284  ribonuclease HII  43.5 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  38.07 
 
 		 201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  40.68 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  40.84 
 
 		 217 aa  109  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>