More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1960 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1960  ribonuclease HII  100 
 
 		 272 aa  545  1e-154  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.317166  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1678  ribonuclease HII  98.9 
 
 		 272 aa  540  9.999999999999999e-153  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.652859  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  53.16 
 
 		 206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  49.76 
 
 		 242 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2400  ribonuclease HII  42.06 
 
 		 254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105442  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  41.13 
 
 		 277 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0914  ribonuclease HII  45.13 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211389 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  47.06 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  49.16 
 
 		 201 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07010  ribonuclease HII  35.6 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000706526  normal  0.43338 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  49.72 
 
 		 201 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0717  ribonuclease HII  46.86 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00641691  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0777  ribonuclease HII  37.86 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0119605  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1012  ribonuclease HII  40.89 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0454013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  48.35 
 
 		 206 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  48.35 
 
 		 212 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  47.85 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1554  ribonuclease H  39.91 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0977063 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3054  Ribonuclease H  47.47 
 
 		 197 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  47.25 
 
 		 211 aa  159  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  47.51 
 
 		 208 aa  158  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  41.1 
 
 		 268 aa  158  9e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01386  ribonuclease HII  47.25 
 
 		 190 aa  158  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00865993  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  48.04 
 
 		 218 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  48.6 
 
 		 217 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  41.23 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0765  ribonuclease HII  38.13 
 
 		 253 aa  157  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.587559  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  48.04 
 
 		 213 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  43.58 
 
 		 202 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  44.57 
 
 		 198 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  48.04 
 
 		 207 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  42.29 
 
 		 208 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  42.62 
 
 		 210 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  48.6 
 
 		 198 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  48.04 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  44.13 
 
 		 249 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2456  ribonuclease HII  42.5 
 
 		 208 aa  152  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.633452  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  47.49 
 
 		 207 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  47.49 
 
 		 207 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  43.96 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  41.88 
 
 		 308 aa  150  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  40.1 
 
 		 214 aa  150  2e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  45.25 
 
 		 198 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  37.98 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  44.13 
 
 		 198 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  45.86 
 
 		 199 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  43.78 
 
 		 218 aa  149  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  45.25 
 
 		 197 aa  149  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  50 
 
 		 203 aa  149  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16251  ribonuclease HII  41.4 
 
 		 196 aa  149  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1263  ribonuclease H  44.2 
 
 		 197 aa  149  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  44.32 
 
 		 211 aa  149  5e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0664  ribonuclease HII  36.48 
 
 		 267 aa  149  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0628332  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  45.25 
 
 		 248 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  43.94 
 
 		 203 aa  149  6e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0018  ribonuclease HII  41.76 
 
 		 206 aa  149  6e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000692909  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2020  Ribonuclease H  41.67 
 
 		 197 aa  148  8e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.395926  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  42.86 
 
 		 214 aa  148  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  43.81 
 
 		 207 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  44.69 
 
 		 248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  45.95 
 
 		 198 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  47.49 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  46.96 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  45.95 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  47.49 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  47.49 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  46.96 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  45.95 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  46.96 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1154  ribonuclease HII  42.78 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  43.41 
 
 		 204 aa  146  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3752  ribonuclease HII  40.89 
 
 		 260 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000719683  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1989  ribonuclease HII  38.6 
 
 		 260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  46.37 
 
 		 198 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  46.37 
 
 		 198 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  46.37 
 
 		 198 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  46.37 
 
 		 198 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  46.37 
 
 		 198 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  43.72 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1328  ribonuclease HII  38.84 
 
 		 255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.506161  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1303  ribonuclease HII  38.84 
 
 		 255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00555633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  44.09 
 
 		 199 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  44.69 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  41.44 
 
 		 201 aa  144  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  42.46 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  44.69 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  44.44 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  41.27 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  43.17 
 
 		 217 aa  144  2e-33  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1292  Ribonuclease H  43.24 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000358144  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2018  ribonuclease HII  42.78 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0334  Ribonuclease H  45.59 
 
 		 199 aa  144  2e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  45.25 
 
 		 193 aa  144  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  45.81 
 
 		 235 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1972  ribonuclease HII  42.78 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0482  ribonuclease HII  43.85 
 
 		 211 aa  143  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  36.76 
 
 		 255 aa  144  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  41.27 
 
 		 217 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  44.55 
 
 		 217 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2489  ribonuclease HII  39.15 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000648841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>