More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6108 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  100 
 
 
191 aa  395  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3847  Ribonuclease H  74.35 
 
 
208 aa  301  4.0000000000000003e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.297829  normal  0.541693 
 
 
-
 
NC_002950  PG0736  ribonuclease HII  59.79 
 
 
201 aa  247  7e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1185  hypothetical protein  62.83 
 
 
194 aa  243  1.9999999999999999e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.130682 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05540  putative ribonuclease HII  58.12 
 
 
199 aa  240  7e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.734266  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0404  ribonuclease HII  60.11 
 
 
203 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.505687 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2825  RNase HII  59.47 
 
 
202 aa  225  3e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0851  Ribonuclease H  61.98 
 
 
220 aa  224  5.0000000000000005e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0747  ribonuclease HII  55.5 
 
 
198 aa  224  8e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1923  ribonuclease HII  50.71 
 
 
221 aa  206  1e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1724  hypothetical protein  53.63 
 
 
196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0420025 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0018  ribonuclease HII  53.93 
 
 
206 aa  187  5e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000692909  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  55.06 
 
 
198 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3310  Ribonuclease H  52.2 
 
 
207 aa  184  7e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0278  ribonuclease HII  52.25 
 
 
283 aa  177  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0300  ribonuclease HII  52.81 
 
 
283 aa  175  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0289  ribonuclease HII  52.25 
 
 
283 aa  175  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.267831  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  52.72 
 
 
205 aa  173  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0302  ribonuclease HII  51.98 
 
 
338 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0995743  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  52.25 
 
 
201 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  51.69 
 
 
201 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  52.81 
 
 
202 aa  171  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  48.04 
 
 
203 aa  169  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1791  Ribonuclease H  48.95 
 
 
230 aa  169  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  50.54 
 
 
207 aa  168  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  50.56 
 
 
208 aa  168  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2147  ribonuclease HII  49.74 
 
 
220 aa  167  9e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1993  ribonuclease HII  52.46 
 
 
206 aa  167  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0018  ribonuclease HII  46.11 
 
 
207 aa  165  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000987865  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  50 
 
 
198 aa  165  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  52.25 
 
 
218 aa  164  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  50.56 
 
 
217 aa  164  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2400  ribonuclease HII  49.43 
 
 
254 aa  164  5e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105442  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  47.37 
 
 
198 aa  165  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  50.28 
 
 
268 aa  164  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  49.72 
 
 
199 aa  164  5.9999999999999996e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  47.67 
 
 
218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  51.7 
 
 
210 aa  164  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.497942 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  163  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0812  ribonuclease HII  48.13 
 
 
256 aa  163  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000539552  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  46.84 
 
 
198 aa  163  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  163  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2020  Ribonuclease H  47.46 
 
 
197 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.395926  normal  0.178485 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  46.84 
 
 
198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  49.15 
 
 
277 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  51.69 
 
 
229 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  52 
 
 
198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  51.14 
 
 
257 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  50 
 
 
207 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  46.84 
 
 
198 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  52.78 
 
 
198 aa  162  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  48.59 
 
 
227 aa  161  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1166  ribonuclease HII  48.31 
 
 
206 aa  161  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  50.57 
 
 
257 aa  160  7e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  48.31 
 
 
198 aa  160  9e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  48.04 
 
 
212 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  53.11 
 
 
210 aa  160  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0879  ribonuclease HII  48.9 
 
 
215 aa  160  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  48.88 
 
 
207 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0017  ribonuclease HII  49.21 
 
 
299 aa  159  2e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0017  ribonuclease HII  51.38 
 
 
206 aa  159  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00136282  unclonable  0.000000928974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  48.88 
 
 
213 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0011  ribonuclease HII  50.82 
 
 
208 aa  159  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150276  normal  0.177364 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  49.44 
 
 
198 aa  159  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1368  Ribonuclease H  49.45 
 
 
216 aa  158  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  50.81 
 
 
240 aa  157  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  44.86 
 
 
199 aa  157  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  46.77 
 
 
211 aa  157  8e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  48.31 
 
 
207 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1324  ribonuclease HII  48.88 
 
 
191 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  48.31 
 
 
207 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  48.04 
 
 
211 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  47.49 
 
 
219 aa  156  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  47.75 
 
 
198 aa  155  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1327  ribonuclease HII  48.31 
 
 
191 aa  155  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1328  ribonuclease HII  44.75 
 
 
255 aa  155  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.506161  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  47.75 
 
 
198 aa  155  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  45.45 
 
 
242 aa  156  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1303  ribonuclease HII  44.75 
 
 
255 aa  155  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00555633  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  49.44 
 
 
198 aa  155  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  46.89 
 
 
201 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  48.11 
 
 
199 aa  155  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  46.93 
 
 
207 aa  155  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  46.96 
 
 
206 aa  155  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  47.75 
 
 
198 aa  155  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  49.16 
 
 
203 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  47.73 
 
 
230 aa  154  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1282  ribonuclease HII  45.26 
 
 
225 aa  154  8e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000227459  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1756  ribonuclease HII  54.8 
 
 
196 aa  154  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384083  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  53.67 
 
 
203 aa  154  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  50.56 
 
 
217 aa  153  1e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>