More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2650 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  100 
 
 		 229 aa  462  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  69.27 
 
 		 210 aa  282  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  64.39 
 
 		 212 aa  254  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  64.39 
 
 		 212 aa  254  9e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  67.82 
 
 		 212 aa  248  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  62.44 
 
 		 206 aa  235  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  56.65 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  59.02 
 
 		 199 aa  202  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  52.82 
 
 		 210 aa  192  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_002978  WD1103  ribonuclease HII  48.28 
 
 		 198 aa  189  2e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  54.82 
 
 		 269 aa  189  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  53.17 
 
 		 214 aa  187  9e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  53.44 
 
 		 212 aa  187  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  54.5 
 
 		 211 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0936  ribonuclease HII  51.79 
 
 		 279 aa  185  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  56.04 
 
 		 202 aa  184  8e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  54.59 
 
 		 199 aa  182  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  54.95 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  52.94 
 
 		 204 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  56.52 
 
 		 201 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 201 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3007  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 224 aa  180  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.654478  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  53.76 
 
 		 198 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  54.84 
 
 		 198 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  54.3 
 
 		 197 aa  179  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  51.85 
 
 		 207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1166  ribonuclease HII  49.25 
 
 		 206 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  178  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  48.48 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  178  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  57.61 
 
 		 199 aa  178  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  51.98 
 
 		 226 aa  178  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0747  ribonuclease HII  52.72 
 
 		 198 aa  178  7e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0812  ribonuclease HII  48.91 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000539552  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  52.66 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3209  ribonuclease HII  55.5 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  55.8 
 
 		 207 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  52.46 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  54.95 
 
 		 213 aa  175  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  53.23 
 
 		 202 aa  175  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0920  ribonuclease HII  48.99 
 
 		 255 aa  174  8e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  54.75 
 
 		 198 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  48.73 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  56.67 
 
 		 207 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1850  RNase HII  56.61 
 
 		 198 aa  174  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  56.67 
 
 		 207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  56.11 
 
 		 207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  50.74 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 209 aa  172  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  53.8 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  53.8 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  51.09 
 
 		 211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  53.8 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  54.89 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  49.28 
 
 		 218 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 198 aa  172  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 198 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  50.47 
 
 		 217 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  46.73 
 
 		 217 aa  171  6.999999999999999e-42  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  50.47 
 
 		 217 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  54.35 
 
 		 198 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 198 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  48.72 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  55 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  53.03 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 240 aa  169  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3847  Ribonuclease H  51.4 
 
 		 208 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.297829  normal  0.541693 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  51.74 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  51.37 
 
 		 203 aa  169  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0173  ribonuclease HII  44.5 
 
 		 209 aa  169  3e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  50 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  50.54 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  53.03 
 
 		 232 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  57.61 
 
 		 203 aa  169  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  54.44 
 
 		 218 aa  168  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0482  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 211 aa  168  6e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  49.06 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  49.06 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  53.26 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1724  hypothetical protein  50.54 
 
 		 196 aa  167  1e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0420025 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  53.8 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  49.06 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 208 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  47.12 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1328  ribonuclease HII  47.59 
 
 		 255 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.506161  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 218 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>