More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0530 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0530  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  649    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.979074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0449  LysR family transcriptional regulator  56.11 
 
 		 326 aa  363  2e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000587967  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2941  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.106883  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4124  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 308 aa  287  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.175412 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4033  transcriptional regulator, LysR family  46.75 
 
 		 308 aa  285  8e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00663025  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0442  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 316 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2202  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 307 aa  235  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.871962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0918  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1176  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1206  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1268  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00300028  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2882  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 290 aa  90.9  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 283 aa  85.9  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 283 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 283 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 283 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1712  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00125801 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  27.27 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.67 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2987  chromosome replication initiation inhibitor protein  46.07 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3061  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.638597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 289 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 307 aa  75.9  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.69 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  23.37 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  23.93 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  31.29 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2387  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 326 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  23.37 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25 
 
 		 303 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3983  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.272698 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  27.32 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  27.8 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  23.98 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  32.18 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4105  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0258  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.02 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  23.02 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  23.02 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  22.76 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  21.58 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1974  chromosome replication initiation inhibitor protein  44.19 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0576454  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4707  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.453216  normal  0.0471653 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 289 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>