More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1268 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1268  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 335 aa  685    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00300028  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0918  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 313 aa  255  7e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2202  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 307 aa  248  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.871962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0442  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1176  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 297 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4033  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00663025  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2941  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.106883  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4124  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.175412 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0530  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 318 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.979074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0449  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 326 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000587967  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2882  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1206  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0055  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000650557  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 307 aa  75.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 291 aa  75.9  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  23.1 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  23.75 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  24.43 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.46 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  25.87 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  23.86 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4370  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 328 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.1 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  25 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  24.41 
 
 		 301 aa  65.9  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2058  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6097  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  25.19 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  23.29 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.81 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4988  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.373349  hitchhiker  0.0028645 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.56 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  26.55 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>