More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_4124 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_4124  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.175412 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4033  transcriptional regulator, LysR family  90.58 
 
 		 308 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00663025  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0442  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2941  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 311 aa  316  3e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.106883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0530  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 318 aa  287  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.979074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0918  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 313 aa  275  6e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0449  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 326 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000587967  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2202  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 307 aa  265  7e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.871962  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1176  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 297 aa  258  7e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1206  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1268  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00300028  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2882  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 312 aa  189  5e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.33 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.23 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.55 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  23.86 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  23.97 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.51 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  24.23 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  24.47 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6301  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  26.48 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  26.48 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  26.48 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  25.47 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  26.48 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  26.48 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2987  chromosome replication initiation inhibitor protein  47.62 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  36.94 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  25.86 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4988  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.373349  hitchhiker  0.0028645 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  26.13 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 386 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2970  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  24.62 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>