More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4033 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_4033  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  627  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00663025  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4124  transcriptional regulator, LysR family  90.58 
 
 		 308 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.175412 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2941  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 311 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.106883  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0442  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 316 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0530  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 318 aa  285  8e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.979074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0449  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 326 aa  282  5.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000587967  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0918  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2202  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 307 aa  258  9e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.871962  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1176  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1206  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 297 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1268  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 335 aa  205  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00300028  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2882  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 312 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.74 
 
 		 303 aa  89.4  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  22.33 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 302 aa  86.3  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 303 aa  86.3  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  25.34 
 
 		 290 aa  85.9  8e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 290 aa  85.5  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 294 aa  85.9  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  25.83 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0698  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  23.76 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  21.86 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.39 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  27.08 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  27.08 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  27.08 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  27.08 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  27.11 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  26.74 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>