More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0449 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0449  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  661    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000587967  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2941  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 311 aa  364  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.106883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0530  LysR family transcriptional regulator  56.11 
 
 		 318 aa  363  2e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.979074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4033  transcriptional regulator, LysR family  48.68 
 
 		 308 aa  282  5.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00663025  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4124  transcriptional regulator, LysR family  47.04 
 
 		 308 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.175412 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0442  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 316 aa  263  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2202  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.871962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0918  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1176  transcriptional regulator, LysR family  41.82 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1206  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1268  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00300028  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2882  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 312 aa  153  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  94.4  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 302 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  34.78 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.65 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.54 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  28.7 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  34.27 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  34.27 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  34.27 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  34.27 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  34.27 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  34.27 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  34.27 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  36.49 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  27.67 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  33.57 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 294 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 290 aa  75.9  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 293 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  35.82 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.18 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>