More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2882 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2882  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 312 aa  637    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0918  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0442  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2202  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.871962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4124  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.175412 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1176  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4033  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00663025  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0530  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.979074  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1268  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00300028  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2941  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.106883  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0449  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 326 aa  153  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000587967  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1206  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 318 aa  85.9  7e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.19 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0055  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000650557  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  22.81 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  23.25 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.08 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  24.62 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0436  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.580361  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  25.39 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  24.23 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  23.85 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.1 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  23.85 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  23.85 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  31.41 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3099  transcriptional regulator LysR family  45.68 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 339 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  31.41 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25320  transcriptional regulator  22.81 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.62 
 
 		 348 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  23.15 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>