More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4988 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4988  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  607  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.373349  hitchhiker  0.0028645 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.88 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.66 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0350  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1824  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.381841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1783  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1113  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379059  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2086  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0822  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  32.55 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 306 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.21 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 315 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4635  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5371  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5489  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4782  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.896768 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  30.85 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5473  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 310 aa  119  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>