More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0284 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 294 aa  592  1e-168  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1018  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00162399  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1080  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.57 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  33.22 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.28 
 
 		 291 aa  171  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1434  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 293 aa  171  9e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.86 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.32 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 288 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 303 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.51 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0265  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.399424  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  148  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  32.77 
 
 		 308 aa  145  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  29.68 
 
 		 308 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  30.17 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.75 
 
 		 347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.31 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.21 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 324 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 304 aa  137  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  30.99 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  27.27 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 313 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111111  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  29.45 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2061  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000270616  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 325 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  31 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 292 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000276986  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>