More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4707 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4707  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.453216  normal  0.0471653 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 326 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 315 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  33.71 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 350 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 332 aa  113  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 318 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 329 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 318 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4702  transcriptional regulator  29.26 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  28.15 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 312 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 317 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53730  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 317 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000890377  hitchhiker  0.00908893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 283 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 317 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 359 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 298 aa  99  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04196  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.42 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3669  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3737  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.42 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.422137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04158  hypothetical protein  25.42 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4555  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.42 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4925  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.42 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4870  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.42 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 306 aa  95.9  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4779  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.08 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 314 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6097  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 314 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.08 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.08 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4767  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.08 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>