More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3012 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3012  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 259 aa  502  1e-141  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2641  alanine racemase domain protein  53.33 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27350  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  48.35 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3518  alanine racemase domain-containing protein  50.82 
 
 		 275 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0114479  normal  0.0724046 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3435  alanine racemase domain-containing protein  48.24 
 
 		 248 aa  172  5.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685853 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3262  alanine racemase domain-containing protein  49.4 
 
 		 254 aa  169  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0192455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3251  hypothetical protein  49.4 
 
 		 254 aa  169  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.563213  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3313  alanine racemase domain-containing protein  49.4 
 
 		 254 aa  169  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.147788 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1576  alanine racemase domain protein  44.94 
 
 		 245 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.112596 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1575  hypothetical protein  44.8 
 
 		 242 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.18502  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3209  alanine racemase domain-containing protein  50.82 
 
 		 248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.300108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2993  alanine racemase domain-containing protein  44.9 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.482567  normal  0.0186437 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12178  hypothetical protein  46.48 
 
 		 258 aa  163  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0576218  normal  0.69915 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3058  alanine racemase domain-containing protein  49.17 
 
 		 234 aa  162  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0278131  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5758  alanine racemase domain protein  45.42 
 
 		 231 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16520  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  48.81 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.129744  normal  0.0429628 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1014  hypothetical protein  45.99 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0169209 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1411  alanine racemase domain-containing protein  42.86 
 
 		 249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0606808 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6102  alanine racemase domain protein  42.8 
 
 		 247 aa  141  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349196  normal  0.131737 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2922  alanine racemase domain protein  44.58 
 
 		 244 aa  138  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00447103  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2875  alanine racemase domain protein  44.35 
 
 		 234 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99771  normal  0.581883 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1115  hypothetical protein  41.94 
 
 		 240 aa  135  8e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.69677  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1420  hypothetical protein  39.75 
 
 		 346 aa  132  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0186857  normal  0.0858519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  34.75 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3194  alanine racemase domain protein  50.23 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052402  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3257  alanine racemase domain protein  44.86 
 
 		 246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228038  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  42.13 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  40.76 
 
 		 232 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3134  alanine racemase domain protein  39.66 
 
 		 262 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3718  hypothetical protein  33.62 
 
 		 227 aa  122  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0902  alanine racemase domain protein  42.45 
 
 		 242 aa  122  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2682  hypothetical protein  34.16 
 
 		 235 aa  122  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00281403  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  40.28 
 
 		 228 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  41.2 
 
 		 235 aa  122  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1834  hypothetical protein  34.73 
 
 		 227 aa  121  9e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  40.43 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  36.89 
 
 		 241 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3663  hypothetical protein  35.65 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.152819  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  33.9 
 
 		 232 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  32.91 
 
 		 228 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  36.48 
 
 		 228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3040  alanine racemase domain-containing protein  32.63 
 
 		 232 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  36.05 
 
 		 228 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3040  alanine racemase domain-containing protein  33.47 
 
 		 232 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000913695  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  42.86 
 
 		 232 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  40.08 
 
 		 238 aa  119  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  36.1 
 
 		 244 aa  119  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3183  alanine racemase domain-containing protein  33.47 
 
 		 232 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000633261  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  31.4 
 
 		 244 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0945  alanine racemase domain-containing protein  40.93 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4007  alanine racemase domain-containing protein  42.26 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0551475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  42.68 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  34.18 
 
 		 233 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  35.17 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  37.34 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  40 
 
 		 236 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  32.2 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  33.05 
 
 		 238 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5092  PLP-binding domain-containing protein  34.84 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  hitchhiker  0.00296969 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3003  hypothetical protein  35.44 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  39.91 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  32.49 
 
 		 237 aa  116  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  35.04 
 
 		 226 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0372  alanine racemase domain protein  39.6 
 
 		 237 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1338  alanine racemase domain protein  33.05 
 
 		 239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00300901  hitchhiker  0.000000312862 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1840  alanine racemase domain protein  37.29 
 
 		 223 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1991  hypothetical protein  32.77 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  28.09 
 
 		 224 aa  115  6e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  38.79 
 
 		 228 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2477  hypothetical protein  38.17 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.58685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1193  hypothetical protein  31.78 
 
 		 238 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3450  alanine racemase domain protein  33.9 
 
 		 237 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0545  alanine racemase domain-containing protein  34.89 
 
 		 242 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  36.48 
 
 		 230 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3590  hypothetical protein  41.98 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  37.61 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  40.76 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  38.3 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0421  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1996  hypothetical protein  31.91 
 
 		 230 aa  113  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1069  alanine racemase domain-containing protein  37.3 
 
 		 241 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  36.44 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1264  hypothetical protein  31.36 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00567806  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  38.39 
 
 		 228 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2306  hypothetical protein  35.92 
 
 		 271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  32.07 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0413  alanine racemase domain protein  40.42 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  35.62 
 
 		 228 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  35.27 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  35.17 
 
 		 234 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  35.17 
 
 		 234 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  35.17 
 
 		 234 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  35.17 
 
 		 234 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  34.2 
 
 		 236 aa  111  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  35.17 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  35.17 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0494  hypothetical protein  38.2 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  35.17 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  35.17 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  35.17 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>