More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1115 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1115  hypothetical protein  100 
 
 		 240 aa  474  1e-133  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.69677  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0902  alanine racemase domain protein  71.83 
 
 		 242 aa  309  2.9999999999999997e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205722  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1411  alanine racemase domain-containing protein  64.53 
 
 		 249 aa  285  5.999999999999999e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0606808 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2922  alanine racemase domain protein  68.64 
 
 		 244 aa  280  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00447103  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6102  alanine racemase domain protein  57.02 
 
 		 247 aa  257  1e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349196  normal  0.131737 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3058  alanine racemase domain-containing protein  59.15 
 
 		 234 aa  251  6e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0278131  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2875  alanine racemase domain protein  60.25 
 
 		 234 aa  250  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99771  normal  0.581883 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1014  hypothetical protein  58.3 
 
 		 244 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0169209 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3435  alanine racemase domain-containing protein  52.89 
 
 		 248 aa  216  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685853 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3209  alanine racemase domain-containing protein  55.65 
 
 		 248 aa  211  7.999999999999999e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.300108 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1576  alanine racemase domain protein  53.56 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.112596 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1420  hypothetical protein  49.79 
 
 		 346 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0186857  normal  0.0858519 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1575  hypothetical protein  50.21 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.18502  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5758  alanine racemase domain protein  52.12 
 
 		 231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3257  alanine racemase domain protein  54.59 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228038  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27350  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  48.59 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16520  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  49.38 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.129744  normal  0.0429628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3194  alanine racemase domain protein  56.28 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052402  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12178  hypothetical protein  46.03 
 
 		 258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0576218  normal  0.69915 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13550  conserved hypothetical protein TIGR00044  50.92 
 
 		 262 aa  171  6.999999999999999e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.32989  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5092  PLP-binding domain-containing protein  40.33 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  hitchhiker  0.00296969 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  43.59 
 
 		 234 aa  170  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2641  alanine racemase domain protein  46.86 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4007  alanine racemase domain-containing protein  48.94 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0551475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  39.66 
 
 		 244 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3518  alanine racemase domain-containing protein  42.97 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0114479  normal  0.0724046 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  40.17 
 
 		 228 aa  151  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  41.56 
 
 		 229 aa  151  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1356  alanine racemase domain-containing protein  32.47 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  41.23 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  35.06 
 
 		 230 aa  150  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2993  alanine racemase domain-containing protein  41.5 
 
 		 279 aa  148  7e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.482567  normal  0.0186437 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  38.53 
 
 		 241 aa  148  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  36.21 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  41.38 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  39.39 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  40.17 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  38.46 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1141  hypothetical protein  37.55 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  40.52 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1145  alanine racemase domain-containing protein  37.29 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1237  hypothetical protein  37.29 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  35.5 
 
 		 224 aa  145  8.000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4138  alanine racemase domain-containing protein  37.83 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  40 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  32.02 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  40.09 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  40.62 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  38.63 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4019  alanine racemase domain protein  38.36 
 
 		 270 aa  142  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  36.24 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  39.57 
 
 		 235 aa  141  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  40.97 
 
 		 236 aa  141  8e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  32.05 
 
 		 255 aa  141  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  38.43 
 
 		 230 aa  141  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  36.44 
 
 		 229 aa  141  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2306  hypothetical protein  37.99 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3718  hypothetical protein  35.5 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  38.46 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  38.91 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  37.44 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  37.44 
 
 		 242 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2383  alanine racemase domain protein  36.48 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  39.22 
 
 		 237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3839  alanine racemase domain protein  36.86 
 
 		 280 aa  138  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0494  hypothetical protein  40.61 
 
 		 230 aa  138  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3012  alanine racemase domain protein  41.94 
 
 		 259 aa  138  7e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05160  hypothetical protein  40.61 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.181322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  38.03 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  39.22 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  38.03 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  38.03 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  38.03 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  39.3 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  40.98 
 
 		 213 aa  136  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1034  alanine racemase domain protein  37.44 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000216914  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  37 
 
 		 232 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  37.39 
 
 		 239 aa  135  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  32.78 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3251  hypothetical protein  42.06 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.563213  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3313  alanine racemase domain-containing protein  42.06 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.147788 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3357  alanine racemase domain-containing protein  36.97 
 
 		 233 aa  135  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00164594 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2737  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 		 259 aa  135  8e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3262  alanine racemase domain-containing protein  42.06 
 
 		 254 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0192455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1865  alanine racemase domain protein  39.92 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4030  alanine racemase domain-containing protein  38.53 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  34.04 
 
 		 275 aa  133  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  34.35 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  34.51 
 
 		 235 aa  132  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0703  alanine racemase domain-containing protein  36.64 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  31.03 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>