More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1420 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1420  hypothetical protein  100 
 
 		 346 aa  665    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0186857  normal  0.0858519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5092  PLP-binding domain-containing protein  54.63 
 
 		 319 aa  259  4e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  hitchhiker  0.00296969 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1411  alanine racemase domain-containing protein  47.92 
 
 		 249 aa  205  7e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0606808 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6102  alanine racemase domain protein  47.15 
 
 		 247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349196  normal  0.131737 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1014  hypothetical protein  46.36 
 
 		 244 aa  195  1e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0169209 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0902  alanine racemase domain protein  48.48 
 
 		 242 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3435  alanine racemase domain-containing protein  47.15 
 
 		 248 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685853 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3209  alanine racemase domain-containing protein  50.77 
 
 		 248 aa  192  6e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.300108 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2875  alanine racemase domain protein  48.12 
 
 		 234 aa  191  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99771  normal  0.581883 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1115  hypothetical protein  49.62 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.69677  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2922  alanine racemase domain protein  48.75 
 
 		 244 aa  188  9e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00447103  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5758  alanine racemase domain protein  45.8 
 
 		 231 aa  186  7e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3058  alanine racemase domain-containing protein  45.8 
 
 		 234 aa  179  8e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0278131  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27350  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  44.49 
 
 		 244 aa  176  5e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3257  alanine racemase domain protein  46.98 
 
 		 246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228038  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3518  alanine racemase domain-containing protein  40.58 
 
 		 275 aa  159  7e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0114479  normal  0.0724046 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1576  alanine racemase domain protein  42.38 
 
 		 245 aa  158  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.112596 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2993  alanine racemase domain-containing protein  39.54 
 
 		 279 aa  156  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.482567  normal  0.0186437 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1575  hypothetical protein  42.86 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.18502  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16520  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  42.05 
 
 		 254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.129744  normal  0.0429628 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2641  alanine racemase domain protein  39.78 
 
 		 236 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12178  hypothetical protein  37.77 
 
 		 258 aa  142  7e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0576218  normal  0.69915 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  37.59 
 
 		 228 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  39.47 
 
 		 229 aa  140  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1338  alanine racemase domain protein  34.32 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00300901  hitchhiker  0.000000312862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  35 
 
 		 226 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  31.25 
 
 		 244 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  40.31 
 
 		 236 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3040  alanine racemase domain-containing protein  34.47 
 
 		 232 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000913695  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  39.1 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  38.46 
 
 		 232 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3183  alanine racemase domain-containing protein  34.47 
 
 		 232 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000633261  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4007  alanine racemase domain-containing protein  41.29 
 
 		 249 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0551475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  35.47 
 
 		 239 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  39.59 
 
 		 228 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  37.97 
 
 		 234 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  32.82 
 
 		 232 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3194  alanine racemase domain protein  43.57 
 
 		 238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052402  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3012  alanine racemase domain protein  39.41 
 
 		 259 aa  134  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  39.18 
 
 		 228 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  37.88 
 
 		 230 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  36.23 
 
 		 244 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  39.15 
 
 		 237 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  32.95 
 
 		 234 aa  133  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  37.31 
 
 		 232 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  39.51 
 
 		 228 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  32.68 
 
 		 233 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1991  hypothetical protein  31.44 
 
 		 231 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0668  hypothetical protein  37.26 
 
 		 236 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.208135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  38.11 
 
 		 237 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  32.02 
 
 		 225 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  37.69 
 
 		 232 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  35.32 
 
 		 237 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3040  alanine racemase domain-containing protein  32.2 
 
 		 232 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1552  alanine racemase domain-containing protein  35.19 
 
 		 248 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13550  conserved hypothetical protein TIGR00044  41.49 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.32989  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  35.47 
 
 		 228 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  38.7 
 
 		 238 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3251  hypothetical protein  37.7 
 
 		 254 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.563213  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3313  alanine racemase domain-containing protein  37.7 
 
 		 254 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.147788 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2208  alanine racemase domain protein  41.03 
 
 		 272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.834769 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  32.62 
 
 		 241 aa  126  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3262  alanine racemase domain-containing protein  37.7 
 
 		 254 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0192455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1865  alanine racemase domain protein  38.2 
 
 		 242 aa  125  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227715  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2507  alanine racemase domain protein  36.78 
 
 		 238 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3663  hypothetical protein  30.6 
 
 		 239 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.152819  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1996  hypothetical protein  30.57 
 
 		 230 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  35.09 
 
 		 228 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  34.08 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  30.53 
 
 		 228 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  32.68 
 
 		 238 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1193  hypothetical protein  32.68 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  32.31 
 
 		 236 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05160  hypothetical protein  38.2 
 
 		 230 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.181322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3003  hypothetical protein  34.34 
 
 		 231 aa  123  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4812  alanine racemase domain protein  34.63 
 
 		 232 aa  122  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  31.91 
 
 		 237 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0494  hypothetical protein  38.26 
 
 		 230 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0930  alanine racemase domain protein  37.84 
 
 		 225 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.246462  normal  0.758463 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  33.33 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  31.18 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  33.46 
 
 		 232 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  33.83 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  36.5 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1264  hypothetical protein  31.91 
 
 		 238 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00567806  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2683  hypothetical protein  36.26 
 
 		 240 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  35.36 
 
 		 229 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  37.35 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01992  hypothetical protein  36.29 
 
 		 230 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1834  hypothetical protein  31.68 
 
 		 227 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413133  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  34.72 
 
 		 228 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>