More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3134 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3134  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 262 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2306  hypothetical protein  81.1 
 
 		 271 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1141  hypothetical protein  78.31 
 
 		 271 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4138  alanine racemase domain-containing protein  72.48 
 
 		 276 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4019  alanine racemase domain protein  61.83 
 
 		 270 aa  294  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3839  alanine racemase domain protein  60.69 
 
 		 280 aa  288  6e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2383  alanine racemase domain protein  60.76 
 
 		 257 aa  287  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2737  alanine racemase domain protein  61.64 
 
 		 259 aa  279  3e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0984  alanine racemase domain protein  62.71 
 
 		 271 aa  261  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4212  alanine racemase domain-containing protein  56.65 
 
 		 269 aa  258  5.0000000000000005e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0294103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1237  hypothetical protein  58.67 
 
 		 261 aa  256  3e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4113  hypothetical protein  63.03 
 
 		 286 aa  251  9.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1145  alanine racemase domain-containing protein  57.78 
 
 		 261 aa  250  1e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3709  alanine racemase domain-containing protein  61.41 
 
 		 283 aa  248  7e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.948517  normal  0.0157517 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0906  alanine racemase domain protein  48.28 
 
 		 241 aa  225  6e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.248468  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  48.71 
 
 		 246 aa  219  5e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  47.09 
 
 		 243 aa  202  4e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  42.86 
 
 		 275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  44.96 
 
 		 244 aa  198  6e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  43.17 
 
 		 234 aa  188  7e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1779  alanine racemase domain protein  43.86 
 
 		 229 aa  185  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.840113 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  44.34 
 
 		 225 aa  185  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2071  alanine racemase domain protein  45.41 
 
 		 229 aa  185  7e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0703  alanine racemase domain-containing protein  44.54 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  44.74 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  46.72 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  47.62 
 
 		 244 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  46.93 
 
 		 228 aa  178  8e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  43.5 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1350  hypothetical protein  44.98 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  38.16 
 
 		 235 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  45.25 
 
 		 229 aa  174  9e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  38.16 
 
 		 235 aa  174  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4225  alanine racemase domain protein  46.57 
 
 		 249 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0670129  normal  0.153387 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  42.17 
 
 		 235 aa  173  2.9999999999999996e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1356  alanine racemase domain-containing protein  36.36 
 
 		 231 aa  172  5.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  44.25 
 
 		 237 aa  172  6.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  41.26 
 
 		 224 aa  171  9e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0478  hypothetical protein  45.06 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1238  alanine racemase domain protein  38.91 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.878338  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1552  alanine racemase domain-containing protein  43.33 
 
 		 248 aa  169  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  41.48 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1802  alanine racemase domain protein  44.54 
 
 		 229 aa  168  9e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1315  alanine racemase domain protein  36.68 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000152977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2362  alanine racemase domain-containing protein  38 
 
 		 253 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000227174  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  40.89 
 
 		 244 aa  166  4e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  42.67 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  41.59 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  41.15 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  50.75 
 
 		 213 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1034  alanine racemase domain protein  40.72 
 
 		 226 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000216914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1904  alanine racemase domain protein  42.34 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  44.2 
 
 		 236 aa  162  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0403  PLP dependent enzymes class III-like protein  41.85 
 
 		 228 aa  162  6e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  42.22 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1116  alanine racemase domain protein  42.57 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0312206  normal  0.913907 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2108  hypothetical protein  41.51 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  43.56 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  42.79 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0858  hypothetical protein  43.81 
 
 		 236 aa  159  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0454343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1539  alanine racemase domain-containing protein  37.79 
 
 		 228 aa  159  5e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.237332  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3952  conserved hypothetical protein TIGR00044  40.09 
 
 		 224 aa  158  8e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000844629  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3945  hypothetical protein  39.64 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00244748  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  47.27 
 
 		 227 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3251  alanine racemase domain-containing protein  43.27 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183035  hitchhiker  0.000198069 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  41.63 
 
 		 225 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0085  alanine racemase domain protein  41.74 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1265  alanine racemase domain protein  43.56 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  47.03 
 
 		 223 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  43.69 
 
 		 232 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  48.5 
 
 		 223 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  42.36 
 
 		 230 aa  156  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  44.59 
 
 		 231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1431  alanine racemase domain protein  41.78 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1240  hypothetical protein  39.82 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000730166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4001  conserved hypothetical protein TIGR00044  39.82 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000153868  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  43.48 
 
 		 235 aa  155  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3659  hypothetical protein  39.64 
 
 		 224 aa  155  8e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000235799  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3914  conserved hypothetical protein TIGR00044  39.64 
 
 		 224 aa  155  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000064891 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3751  hypothetical protein  39.64 
 
 		 224 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0252212  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3642  hypothetical protein  39.64 
 
 		 224 aa  155  9e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000487745  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4039  hypothetical protein  39.64 
 
 		 224 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00228319  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  42.08 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1015  alanine racemase domain protein  43.12 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  41.59 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  40.44 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4047  alanine racemase domain protein  39.82 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0138922  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0498  alanine racemase domain-containing protein  41.33 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.812973  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  37.55 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  38.22 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09220  conserved hypothetical protein TIGR00044  38.01 
 
 		 230 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00199115  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  37.55 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08000  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  45 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0412796  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  40 
 
 		 228 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2549  alanine racemase domain-containing protein  38.01 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0648095  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  40.79 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3727  hypothetical protein  38.74 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00457441  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  43.24 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  40.87 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>