More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0403 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0403  PLP dependent enzymes class III-like protein  100 
 
 		 228 aa  473  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  60.79 
 
 		 231 aa  289  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  61.67 
 
 		 230 aa  287  9e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  61.23 
 
 		 237 aa  280  9e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  60.79 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  62.56 
 
 		 231 aa  278  4e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  58.15 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  58.77 
 
 		 228 aa  262  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  50.43 
 
 		 235 aa  230  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  50.88 
 
 		 227 aa  224  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  48.9 
 
 		 224 aa  223  3e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1414  alanine racemase domain-containing protein  53.6 
 
 		 234 aa  218  3.9999999999999997e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000108104  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  50.22 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  48.9 
 
 		 231 aa  208  6e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  48.03 
 
 		 230 aa  208  6e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0085  alanine racemase domain protein  50.45 
 
 		 235 aa  207  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  46.52 
 
 		 235 aa  207  1e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  49.78 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  50.22 
 
 		 223 aa  206  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2362  alanine racemase domain-containing protein  42.34 
 
 		 253 aa  206  3e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000227174  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  47.58 
 
 		 226 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  41.59 
 
 		 233 aa  201  6e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0858  hypothetical protein  49.78 
 
 		 236 aa  201  6e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0454343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1015  alanine racemase domain protein  46.88 
 
 		 247 aa  201  9e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  46.32 
 
 		 231 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1094  alanine racemase domain-containing protein  43.56 
 
 		 229 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.952967  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1026  alanine racemase domain-containing protein  43.56 
 
 		 229 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  42.48 
 
 		 235 aa  195  6e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  46.05 
 
 		 229 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  43.56 
 
 		 225 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0478  hypothetical protein  46.49 
 
 		 229 aa  193  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  44.49 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  39.82 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2739  alanine racemase domain protein  48.67 
 
 		 231 aa  192  4e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  49.76 
 
 		 213 aa  192  4e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0703  alanine racemase domain-containing protein  45.65 
 
 		 229 aa  189  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2208  alanine racemase domain protein  44.88 
 
 		 272 aa  189  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.834769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2910  alanine racemase domain-containing protein  49.11 
 
 		 242 aa  189  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000373899  normal  0.226909 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2071  alanine racemase domain protein  45.02 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  47.79 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4047  alanine racemase domain protein  41.85 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0138922  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  48.47 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  43.35 
 
 		 244 aa  186  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  44.4 
 
 		 237 aa  185  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1779  alanine racemase domain protein  43.86 
 
 		 229 aa  185  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.840113 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1350  hypothetical protein  45.85 
 
 		 229 aa  185  4e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1034  alanine racemase domain protein  41.67 
 
 		 226 aa  185  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000216914  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  44.49 
 
 		 230 aa  184  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  44.05 
 
 		 234 aa  184  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1315  alanine racemase domain protein  39.21 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000152977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09220  conserved hypothetical protein TIGR00044  42.11 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00199115  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0906  alanine racemase domain protein  44.3 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.248468  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1116  alanine racemase domain protein  48.76 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0312206  normal  0.913907 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  47.32 
 
 		 246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  45.85 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3449  alanine racemase domain-containing protein  41.92 
 
 		 219 aa  181  8.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  44.54 
 
 		 229 aa  181  9.000000000000001e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1802  alanine racemase domain protein  45.69 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  44.93 
 
 		 228 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  46.12 
 
 		 228 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  43.17 
 
 		 228 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  44.93 
 
 		 228 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  42.74 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1141  hypothetical protein  44.93 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  42.92 
 
 		 275 aa  176  2e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  44.21 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  42.73 
 
 		 244 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2011  alanine racemase domain protein  46.08 
 
 		 220 aa  175  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1356  alanine racemase domain-containing protein  38.84 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1822  hypothetical protein  39.91 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000058196  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  42.29 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  43.17 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  42.98 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3251  alanine racemase domain-containing protein  42.68 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183035  hitchhiker  0.000198069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3450  alanine racemase domain protein  44.16 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2383  alanine racemase domain protein  43.81 
 
 		 257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  42.73 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  43.61 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  41.7 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  42.11 
 
 		 232 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  42.54 
 
 		 232 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2549  alanine racemase domain-containing protein  40.44 
 
 		 224 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0648095  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2683  hypothetical protein  46.78 
 
 		 240 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  42.54 
 
 		 242 aa  171  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  40.95 
 
 		 241 aa  171  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  43.11 
 
 		 232 aa  170  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  39.39 
 
 		 255 aa  170  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  43.91 
 
 		 238 aa  170  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  42.79 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  42.79 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  43.91 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  42.79 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  43.91 
 
 		 234 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4039  hypothetical protein  39.56 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00228319  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  42.79 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  42.79 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  42.79 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  43.91 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  44.87 
 
 		 238 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  42.24 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>