More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2071 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2071  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1802  alanine racemase domain protein  73.36 
 
 		 229 aa  335  2.9999999999999997e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0703  alanine racemase domain-containing protein  69.87 
 
 		 229 aa  333  2e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0478  hypothetical protein  67.69 
 
 		 229 aa  324  6e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1350  hypothetical protein  69 
 
 		 229 aa  318  3e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  64.19 
 
 		 229 aa  303  1.0000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1779  alanine racemase domain protein  64.19 
 
 		 229 aa  291  7e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.840113 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  50.22 
 
 		 228 aa  214  9e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  47.64 
 
 		 234 aa  194  8.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  47.41 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  46.55 
 
 		 237 aa  191  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  47.39 
 
 		 230 aa  191  6e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  44.98 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  44.1 
 
 		 231 aa  189  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2306  hypothetical protein  45.85 
 
 		 271 aa  188  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1141  hypothetical protein  44.98 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  46.96 
 
 		 230 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0403  PLP dependent enzymes class III-like protein  45.02 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3134  alanine racemase domain protein  45.41 
 
 		 262 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  45.85 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  46.26 
 
 		 227 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  44.98 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2383  alanine racemase domain protein  44.16 
 
 		 257 aa  181  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2937  hypothetical protein  47.03 
 
 		 229 aa  181  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  46.12 
 
 		 234 aa  181  6e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  45.22 
 
 		 237 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  44.83 
 
 		 226 aa  180  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4138  alanine racemase domain-containing protein  42.98 
 
 		 276 aa  180  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  44.59 
 
 		 232 aa  179  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  44.59 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  47.06 
 
 		 213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  47.09 
 
 		 231 aa  179  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  44.49 
 
 		 225 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  44.59 
 
 		 228 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  44.59 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  48.04 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  44.93 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  42.67 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  43.72 
 
 		 228 aa  174  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4019  alanine racemase domain protein  44.44 
 
 		 270 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1904  alanine racemase domain protein  42.79 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  44.1 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  45.34 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  43.72 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  47.55 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  44.1 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  43.23 
 
 		 238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  43.23 
 
 		 241 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  42.17 
 
 		 275 aa  172  5e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2108  hypothetical protein  44.16 
 
 		 241 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  45.45 
 
 		 230 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  45.49 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  43.72 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  41.28 
 
 		 255 aa  170  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  40.17 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4812  alanine racemase domain protein  42.86 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  44.21 
 
 		 236 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1215  hypothetical protein  41.56 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.157009  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  40.77 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0668  hypothetical protein  41.88 
 
 		 236 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.208135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  43.86 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  44.64 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  44.12 
 
 		 238 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  39.74 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  41.13 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  41.35 
 
 		 237 aa  168  7e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3839  alanine racemase domain protein  43.56 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  42.42 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  42.86 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2507  alanine racemase domain protein  43.7 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2362  alanine racemase domain-containing protein  38.96 
 
 		 253 aa  166  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000227174  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  43.5 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  43.17 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  43.48 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  43.48 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3449  alanine racemase domain-containing protein  39.39 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  43.48 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  40.87 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  43.48 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  44.16 
 
 		 228 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  43.72 
 
 		 228 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  41.13 
 
 		 232 aa  165  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  42.17 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  39.74 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  39.74 
 
 		 232 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  43.72 
 
 		 228 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  43.29 
 
 		 257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2737  alanine racemase domain protein  42.54 
 
 		 259 aa  164  9e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3702  alanine racemase domain protein  48.05 
 
 		 237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  42.86 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  42.37 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0494  hypothetical protein  45.85 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>