More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4812 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4812  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 232 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  66.82 
 
 		 239 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0638  alanine racemase domain-containing protein  69.07 
 
 		 241 aa  300  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  66.23 
 
 		 238 aa  296  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  66.67 
 
 		 232 aa  292  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0397  hypothetical protein  65.97 
 
 		 238 aa  291  6e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1069  alanine racemase domain-containing protein  60.67 
 
 		 241 aa  291  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  64.91 
 
 		 229 aa  289  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2937  hypothetical protein  67.98 
 
 		 229 aa  289  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  66.23 
 
 		 229 aa  288  7e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1687  alanine racemase domain-containing protein  63.71 
 
 		 239 aa  287  9e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  67.98 
 
 		 257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  65.32 
 
 		 232 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0247  hypothetical protein  71.36 
 
 		 239 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0731  hypothetical protein  71.36 
 
 		 239 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18938  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0280  alanine racemase domain-containing protein  63.9 
 
 		 259 aa  278  7e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.898477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0413  alanine racemase domain protein  65.38 
 
 		 238 aa  276  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0699  alanine racemase domain-containing protein  70.87 
 
 		 232 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.239195  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2683  hypothetical protein  64.83 
 
 		 240 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0647  alanine racemase domain-containing protein  71.43 
 
 		 232 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  64.86 
 
 		 232 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0421  alanine racemase domain-containing protein  64.53 
 
 		 238 aa  273  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  62.28 
 
 		 230 aa  272  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0621  hypothetical protein  70.94 
 
 		 268 aa  272  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  62.66 
 
 		 238 aa  268  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  67.86 
 
 		 232 aa  267  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  63.16 
 
 		 229 aa  266  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  60.7 
 
 		 234 aa  262  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2655  alanine racemase domain-containing protein  71.92 
 
 		 235 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.042433 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0328  hypothetical protein  66.67 
 
 		 245 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2411  hypothetical protein  66.67 
 
 		 245 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.429006  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1189  hypothetical protein  66.67 
 
 		 245 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2598  hypothetical protein  66.67 
 
 		 245 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.734317  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3299  hypothetical protein  66.67 
 
 		 232 aa  258  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.244071  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3333  hypothetical protein  66.67 
 
 		 232 aa  258  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  59.24 
 
 		 241 aa  258  4e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2507  alanine racemase domain protein  60.94 
 
 		 238 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3346  hypothetical protein  66.67 
 
 		 305 aa  258  8e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  55.41 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  60.09 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  53.95 
 
 		 238 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  57.76 
 
 		 228 aa  249  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  56.83 
 
 		 241 aa  248  5e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1193  hypothetical protein  52.59 
 
 		 238 aa  247  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107185  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  56.33 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  59.21 
 
 		 228 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  59.21 
 
 		 228 aa  245  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  58.77 
 
 		 228 aa  245  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  54.51 
 
 		 241 aa  245  4.9999999999999997e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3702  alanine racemase domain protein  65.95 
 
 		 237 aa  244  8e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  55.46 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  55.46 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  55.46 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  55.46 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  55.46 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  57.01 
 
 		 244 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3450  alanine racemase domain protein  54.7 
 
 		 237 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  59.56 
 
 		 237 aa  243  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1264  hypothetical protein  52.16 
 
 		 238 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00567806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0668  hypothetical protein  56.44 
 
 		 236 aa  241  5e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.208135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  52.14 
 
 		 237 aa  241  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  53.91 
 
 		 236 aa  241  5e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  58.01 
 
 		 235 aa  241  9e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  57.02 
 
 		 228 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  51.74 
 
 		 233 aa  239  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  52.59 
 
 		 232 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  53.07 
 
 		 232 aa  239  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1215  hypothetical protein  50 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.157009  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  53.51 
 
 		 242 aa  238  6.999999999999999e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1338  alanine racemase domain protein  52.16 
 
 		 239 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00300901  hitchhiker  0.000000312862 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  53.51 
 
 		 232 aa  238  8e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3003  hypothetical protein  53.25 
 
 		 231 aa  237  9e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3183  alanine racemase domain-containing protein  52.16 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000633261  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  50 
 
 		 255 aa  236  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  50 
 
 		 237 aa  235  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  50.87 
 
 		 236 aa  235  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  53.88 
 
 		 237 aa  235  5.0000000000000005e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  49.78 
 
 		 232 aa  234  9e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3040  alanine racemase domain-containing protein  51.72 
 
 		 232 aa  234  9e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000913695  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  55.7 
 
 		 228 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  57.4 
 
 		 237 aa  231  6e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0545  alanine racemase domain-containing protein  52.97 
 
 		 242 aa  230  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2418  hypothetical protein  61.54 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  49.56 
 
 		 228 aa  230  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  55.41 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4030  alanine racemase domain-containing protein  56.09 
 
 		 235 aa  229  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  52.19 
 
 		 233 aa  229  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  51.3 
 
 		 234 aa  228  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3040  alanine racemase domain-containing protein  49.78 
 
 		 232 aa  228  8e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0494  hypothetical protein  60.53 
 
 		 230 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  52.59 
 
 		 226 aa  227  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  54.39 
 
 		 228 aa  223  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>