More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4113 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4113  hypothetical protein  100 
 
 		 286 aa  578  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3839  alanine racemase domain protein  75.36 
 
 		 280 aa  424  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4019  alanine racemase domain protein  76.43 
 
 		 270 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0984  alanine racemase domain protein  79.28 
 
 		 271 aa  392  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3709  alanine racemase domain-containing protein  82.87 
 
 		 283 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.948517  normal  0.0157517 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2383  alanine racemase domain protein  69.08 
 
 		 257 aa  342  4e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1237  hypothetical protein  67.06 
 
 		 261 aa  342  5e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4212  alanine racemase domain-containing protein  63.36 
 
 		 269 aa  339  2.9999999999999998e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0294103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1145  alanine racemase domain-containing protein  65.87 
 
 		 261 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2737  alanine racemase domain protein  65.5 
 
 		 259 aa  314  9.999999999999999e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2306  hypothetical protein  63.14 
 
 		 271 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3134  alanine racemase domain protein  63.03 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1141  hypothetical protein  61.02 
 
 		 271 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4138  alanine racemase domain-containing protein  58.68 
 
 		 276 aa  267  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0906  alanine racemase domain protein  47.72 
 
 		 241 aa  219  3.9999999999999997e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.248468  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  48.52 
 
 		 246 aa  218  6e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  49.39 
 
 		 244 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  42.68 
 
 		 275 aa  211  2e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  47.16 
 
 		 243 aa  201  8e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  51.56 
 
 		 234 aa  189  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  46.67 
 
 		 244 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  44.1 
 
 		 231 aa  178  8e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  48.03 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1431  alanine racemase domain protein  46.75 
 
 		 230 aa  176  5e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1779  alanine racemase domain protein  43.48 
 
 		 229 aa  175  9e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.840113 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  43.17 
 
 		 227 aa  172  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  42.29 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3251  alanine racemase domain-containing protein  46.12 
 
 		 244 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183035  hitchhiker  0.000198069 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  34.48 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  41.05 
 
 		 235 aa  166  5.9999999999999996e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  47.16 
 
 		 232 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  39.3 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  38.6 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1116  alanine racemase domain protein  43.63 
 
 		 219 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0312206  normal  0.913907 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  45.33 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  46.35 
 
 		 235 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2071  alanine racemase domain protein  43.81 
 
 		 229 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1552  alanine racemase domain-containing protein  44.9 
 
 		 248 aa  162  9e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  43.56 
 
 		 230 aa  161  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  44 
 
 		 228 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  42.24 
 
 		 229 aa  161  1e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  41.78 
 
 		 226 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  46.43 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0498  alanine racemase domain-containing protein  41.81 
 
 		 235 aa  160  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.812973  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1350  hypothetical protein  46.12 
 
 		 229 aa  160  3e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  46.29 
 
 		 232 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  46.02 
 
 		 229 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1356  alanine racemase domain-containing protein  37.28 
 
 		 231 aa  159  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  44.78 
 
 		 237 aa  159  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2362  alanine racemase domain-containing protein  35.34 
 
 		 253 aa  159  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000227174  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  41.96 
 
 		 237 aa  159  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  45.45 
 
 		 228 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09220  conserved hypothetical protein TIGR00044  39.22 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00199115  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1265  alanine racemase domain protein  43.78 
 
 		 235 aa  158  1e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  44.44 
 
 		 229 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  36.56 
 
 		 235 aa  158  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  45.09 
 
 		 234 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  42.22 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  36.56 
 
 		 224 aa  156  4e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  42.24 
 
 		 237 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  47.19 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1487  hypothetical protein  44.2 
 
 		 240 aa  155  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.164906  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  42.79 
 
 		 231 aa  155  8e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3449  alanine racemase domain-containing protein  35.75 
 
 		 219 aa  155  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  36.68 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0478  hypothetical protein  41.81 
 
 		 229 aa  154  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  41.96 
 
 		 231 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  46.6 
 
 		 213 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  38.84 
 
 		 228 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  43.75 
 
 		 230 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  41.7 
 
 		 228 aa  152  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1904  alanine racemase domain protein  42.22 
 
 		 224 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  41.07 
 
 		 237 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  46.96 
 
 		 238 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  44.39 
 
 		 236 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  47.8 
 
 		 223 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  47.8 
 
 		 227 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1802  alanine racemase domain protein  44.02 
 
 		 229 aa  151  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2011  alanine racemase domain protein  39.71 
 
 		 220 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  38.22 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  44.1 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  45.74 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1015  alanine racemase domain protein  42.29 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  44.89 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  43.75 
 
 		 228 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  37.04 
 
 		 242 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0858  hypothetical protein  41.46 
 
 		 236 aa  150  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0454343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1702  alanine racemase domain-containing protein  45.05 
 
 		 214 aa  149  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.348168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  38.26 
 
 		 232 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  47.32 
 
 		 223 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0621  hypothetical protein  46.75 
 
 		 268 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2126  hypothetical protein  40.57 
 
 		 224 aa  149  7e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  44.54 
 
 		 242 aa  149  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09518  hypothetical protein  37.02 
 
 		 219 aa  148  8e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0247  hypothetical protein  46.75 
 
 		 239 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0731  hypothetical protein  46.75 
 
 		 239 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18938  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1034  alanine racemase domain protein  39.91 
 
 		 226 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000216914  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0703  alanine racemase domain-containing protein  40.26 
 
 		 229 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0647  alanine racemase domain-containing protein  46.75 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2208  alanine racemase domain protein  42.02 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.834769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>