More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2860 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  100 
 
 		 228 aa  470  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  73.25 
 
 		 232 aa  350  8e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  72.37 
 
 		 237 aa  350  1e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1193  hypothetical protein  72.37 
 
 		 238 aa  349  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  71.93 
 
 		 238 aa  347  8e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  74.56 
 
 		 233 aa  347  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1264  hypothetical protein  71.49 
 
 		 238 aa  345  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00567806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1338  alanine racemase domain protein  71.93 
 
 		 239 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00300901  hitchhiker  0.000000312862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  71.93 
 
 		 232 aa  344  6e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3040  alanine racemase domain-containing protein  71.49 
 
 		 232 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000913695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3183  alanine racemase domain-containing protein  71.05 
 
 		 232 aa  341  5e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000633261  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  70.18 
 
 		 244 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  66.23 
 
 		 233 aa  317  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  67.11 
 
 		 234 aa  315  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2682  hypothetical protein  66.81 
 
 		 235 aa  314  7e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00281403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2477  hypothetical protein  64.5 
 
 		 235 aa  288  7e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.58685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  59.13 
 
 		 236 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1215  hypothetical protein  58.26 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.157009  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3718  hypothetical protein  57.89 
 
 		 227 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  57.83 
 
 		 236 aa  265  4e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  55.22 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  57.02 
 
 		 241 aa  262  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  57.21 
 
 		 234 aa  260  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  56.52 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  56.77 
 
 		 234 aa  258  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  56.77 
 
 		 234 aa  258  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  56.77 
 
 		 234 aa  258  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  56.58 
 
 		 232 aa  256  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  56.77 
 
 		 234 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  56.52 
 
 		 255 aa  256  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  56.58 
 
 		 242 aa  256  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  56.14 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  57.02 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  54.15 
 
 		 241 aa  252  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  55.02 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  53.51 
 
 		 232 aa  249  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3450  alanine racemase domain protein  55.22 
 
 		 237 aa  248  6e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  53.95 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03298  alanine racemase domain protein  59.6 
 
 		 202 aa  245  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  55.26 
 
 		 232 aa  244  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3003  hypothetical protein  50.44 
 
 		 231 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  55.26 
 
 		 257 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4030  alanine racemase domain-containing protein  56.52 
 
 		 235 aa  243  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  51.95 
 
 		 234 aa  243  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  54.82 
 
 		 229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3040  alanine racemase domain-containing protein  55.6 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  53.07 
 
 		 232 aa  241  7e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  54.82 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  54.98 
 
 		 226 aa  240  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3357  alanine racemase domain-containing protein  55.02 
 
 		 233 aa  240  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00164594 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  52.42 
 
 		 244 aa  239  2e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  51.32 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  50.22 
 
 		 235 aa  237  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0545  alanine racemase domain-containing protein  53.95 
 
 		 242 aa  236  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  54.82 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2937  hypothetical protein  54.39 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0247  hypothetical protein  55.26 
 
 		 239 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0731  hypothetical protein  55.26 
 
 		 239 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  53.07 
 
 		 228 aa  234  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  51.61 
 
 		 239 aa  234  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  54.82 
 
 		 228 aa  234  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  52 
 
 		 237 aa  234  8e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0699  alanine racemase domain-containing protein  54.82 
 
 		 232 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.239195  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  54.82 
 
 		 228 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  51.32 
 
 		 229 aa  232  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  54.39 
 
 		 228 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  55.26 
 
 		 228 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3663  hypothetical protein  50.42 
 
 		 239 aa  230  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.152819  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4812  alanine racemase domain protein  49.56 
 
 		 232 aa  230  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  49.56 
 
 		 236 aa  229  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0621  hypothetical protein  53.95 
 
 		 268 aa  228  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  54.39 
 
 		 228 aa  228  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0647  alanine racemase domain-containing protein  53.95 
 
 		 232 aa  228  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3346  hypothetical protein  53.95 
 
 		 305 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  49.35 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2411  hypothetical protein  53.95 
 
 		 245 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.429006  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3299  hypothetical protein  53.95 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.244071  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2598  hypothetical protein  53.95 
 
 		 245 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.734317  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3333  hypothetical protein  53.95 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1189  hypothetical protein  53.95 
 
 		 245 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0328  hypothetical protein  53.95 
 
 		 245 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0668  hypothetical protein  50.88 
 
 		 236 aa  225  3e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.208135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  50.21 
 
 		 238 aa  225  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1834  hypothetical protein  50.66 
 
 		 227 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413133  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  48.25 
 
 		 238 aa  223  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2683  hypothetical protein  51.07 
 
 		 240 aa  221  6e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2655  alanine racemase domain-containing protein  53.07 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.042433 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1687  alanine racemase domain-containing protein  48.72 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0945  alanine racemase domain-containing protein  48.92 
 
 		 228 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  48.73 
 
 		 241 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2507  alanine racemase domain protein  49.36 
 
 		 238 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3702  alanine racemase domain protein  51.75 
 
 		 237 aa  214  7e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>