79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1557 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1557  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 390 aa  766    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2659  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  84.63 
 
 		 389 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000575717 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1821  TPR repeat-containing protein  41.81 
 
 		 330 aa  192  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.103066  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2024  hypothetical protein  35.85 
 
 		 373 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0979  TPR repeat-containing protein  40.62 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0547442  normal  0.0871069 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1593  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  41.54 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2026  tetratricopeptide TPR_4  37.15 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608859  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2131  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 265 aa  78.6  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1096  sulfotransferase  31.5 
 
 		 1764 aa  54.3  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0669  hypothetical protein  31.97 
 
 		 498 aa  51.6  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.757519  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0043  TPR domain-containing protein  34.74 
 
 		 627 aa  51.2  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  29.71 
 
 		 968 aa  50.8  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  23.14 
 
 		 573 aa  49.7  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3930  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 		 974 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3748  TPR repeat-containing protein  36.78 
 
 		 1450 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0276  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.17 
 
 		 624 aa  47.4  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0942  tetratricopeptide TPR_4  29.66 
 
 		 765 aa  47.4  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.799869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  34.09 
 
 		 520 aa  47  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0531  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 287 aa  47  0.0005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.259397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  23.68 
 
 		 934 aa  47  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0600  TPR repeat-containing protein  28.92 
 
 		 1112 aa  47  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.272318  normal  0.386774 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0588  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 613 aa  46.6  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1837  TPR repeat-containing protein  24.17 
 
 		 344 aa  46.6  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.17 
 
 		 344 aa  46.6  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0991  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 357 aa  45.4  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161827  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3867  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.21 
 
 		 967 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0927  TPR repeat-containing protein  29.6 
 
 		 291 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  24.77 
 
 		 632 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  30.85 
 
 		 2262 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3954  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.21 
 
 		 970 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4301  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.37 
 
 		 363 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.124533 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  31.43 
 
 		 884 aa  46.2  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0237  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 		 984 aa  46.2  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0431  Tetratricopeptide TPR_4  20.39 
 
 		 615 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.504045  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24161  hypothetical protein  24.73 
 
 		 661 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3097  hypothetical protein  34.74 
 
 		 933 aa  46.2  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681672  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3216  TPR repeat-containing protein  28.67 
 
 		 643 aa  46.2  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000674385  hitchhiker  0.00000466075 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2167  tetratricopeptide TPR_2  28 
 
 		 1014 aa  45.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.796808 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0588  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.11 
 
 		 571 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.795395  normal  0.0835537 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.24 
 
 		 639 aa  45.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3810  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 969 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.324215  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.48 
 
 		 265 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 		 505 aa  45.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4211  TPR repeat-containing protein  30.36 
 
 		 522 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.185796 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4239  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.37 
 
 		 363 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2400  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 		 520 aa  45.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.38799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  35.62 
 
 		 279 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  27.18 
 
 		 533 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2508  TPR domain-containing protein  28.35 
 
 		 559 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.849467  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28 
 
 		 2240 aa  44.7  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  25.99 
 
 		 337 aa  44.3  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2328  TPR repeat-containing protein  27.19 
 
 		 363 aa  44.3  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.759887 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 828 aa  44.3  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  28.17 
 
 		 534 aa  44.3  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  25.19 
 
 		 405 aa  44.3  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3832  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 		 688 aa  44.3  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00173771 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0031  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 		 522 aa  43.9  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.918489 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1506  tetratricopeptide TPR_4  32.18 
 
 		 729 aa  43.9  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1898  TPR repeat-containing protein  37.65 
 
 		 458 aa  43.9  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262238 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  25.36 
 
 		 833 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2405  hypothetical protein  29.21 
 
 		 577 aa  43.5  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4380  TPR repeat-containing protein  34 
 
 		 900 aa  43.5  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  28.48 
 
 		 533 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00051  Flp pilus assembly protein TadD  31.09 
 
 		 297 aa  43.5  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000470033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2504  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 678 aa  43.5  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106056  normal  0.195279 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  34.25 
 
 		 563 aa  43.1  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2945  TPR repeat-containing protein  31.36 
 
 		 1184 aa  43.5  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2549  hypothetical protein  29.21 
 
 		 577 aa  43.1  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  26.73 
 
 		 3172 aa  43.1  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  26.6 
 
 		 722 aa  43.1  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4945  TPR repeat-containing protein  24.14 
 
 		 750 aa  43.1  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0689  TPR repeat-containing protein  26.42 
 
 		 632 aa  43.1  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000734837  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4768  sulfotransferase  25.74 
 
 		 676 aa  43.1  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.260339  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0687  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 		 2262 aa  43.1  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00419541 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.97 
 
 		 3145 aa  43.1  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  28.41 
 
 		 878 aa  43.1  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 789 aa  43.1  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  32.63 
 
 		 1406 aa  42.7  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0546  diguanylate cyclase  23.97 
 
 		 792 aa  42.7  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.482559  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>