More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0925 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0925  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  583  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.177236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5616  LuxR family transcriptional regulator  80.14 
 
 		 347 aa  439  9.999999999999999e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0605675  normal  0.548217 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4027  LuxR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 275 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2115  transcriptional regulator, LuxR family  34.52 
 
 		 267 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1067  transcriptional regulator, LuxR family  40.18 
 
 		 205 aa  65.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.506731 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 214 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05830  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  50 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.388223  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0094  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.69 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  36.19 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1769  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.221401  normal  0.0578747 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0642  putative response regulator  46.88 
 
 		 217 aa  58.2  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1495  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194449  normal  0.395611 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4260  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.19 
 
 		 213 aa  57  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0156  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.47 
 
 		 230 aa  57  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.379873  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4064  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 217 aa  57  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  49.12 
 
 		 919 aa  57  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3219  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.68 
 
 		 208 aa  57  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1389  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.744509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0645  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1682  two component LuxR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800734 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  58 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4366  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.48 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1986  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2151  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0637  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.06 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.565019 
 
 
-
 
NC_003296  RS05474  transcription regulator protein  40.58 
 
 		 177 aa  55.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 235 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  40.3 
 
 		 901 aa  55.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1558  response regulator receiver  41.94 
 
 		 221 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 550 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1734  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.42 
 
 		 188 aa  55.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.34281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0707  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 270 aa  54.7  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.28 
 
 		 218 aa  55.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 220 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  44.64 
 
 		 917 aa  54.3  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26900  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  47.46 
 
 		 247 aa  54.7  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00793239  normal  0.935402 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0625  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.28 
 
 		 216 aa  55.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.732521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8243  response regulator receiver protein  54.72 
 
 		 217 aa  53.9  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.931194  normal  0.230681 
 
 
-
 
NC_003296  RS02135  putative transcription regulator protein  45.28 
 
 		 252 aa  53.9  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0163  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.68 
 
 		 213 aa  54.3  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.107009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02400  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  47.62 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 222 aa  54.3  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4528  response regulator receiver  47.06 
 
 		 213 aa  53.9  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7377  response regulator receiver protein  46.03 
 
 		 216 aa  53.9  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2039  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 212 aa  53.9  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  45.76 
 
 		 206 aa  53.9  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 556 aa  53.9  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 217 aa  54.3  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2569  transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 508 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 219 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4334  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 160 aa  53.9  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0654  two component LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 256 aa  54.3  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.639317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7843  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 231 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.176081 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4360  transcriptional regulator, LuxR family  41.75 
 
 		 381 aa  53.5  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3086  LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.375824 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2846  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 209 aa  53.9  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2511  two component LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 229 aa  53.5  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3769  transcriptional regulator, LuxR family  50.88 
 
 		 205 aa  53.5  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0158689  normal  0.601222 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  50 
 
 		 204 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 227 aa  53.1  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4086  transcriptional regulator, LuxR family  51.92 
 
 		 959 aa  53.1  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.105743  hitchhiker  0.000559176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3785  ATPase-like protein  48.21 
 
 		 937 aa  53.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.114558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 214 aa  53.5  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  53.1  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 882 aa  53.5  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 218 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  38.98 
 
 		 207 aa  52.8  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  36.25 
 
 		 219 aa  53.1  0.000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  47.37 
 
 		 894 aa  52.8  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 212 aa  53.1  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2609  transcriptional regulator, LuxR family  43.24 
 
 		 562 aa  53.1  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000030036  hitchhiker  0.00837555 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  40.58 
 
 		 243 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 207 aa  53.1  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5550  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 213 aa  52.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159917  normal  0.0692801 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  38.98 
 
 		 207 aa  53.1  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 214 aa  52.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1659  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.93 
 
 		 207 aa  52.8  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.319135  normal  0.0403017 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 216 aa  52.8  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2573  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.18 
 
 		 221 aa  52.8  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0970392  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32990  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.85 
 
 		 217 aa  52.8  0.000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2293  LuxR family DNA-binding response regulator  33.68 
 
 		 211 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6705  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.76 
 
 		 258 aa  52.4  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318103  normal  0.0731204 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1873  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.44 
 
 		 233 aa  52.4  0.000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.145213  normal  0.385799 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  43.21 
 
 		 776 aa  52.8  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3973  putative GAF sensor protein  44.29 
 
 		 399 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.057323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0717  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.06 
 
 		 209 aa  52.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.854815  normal  0.189113 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 226 aa  52.8  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 209 aa  52.8  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>