More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2513 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2513  type 1 fimbriae regulatory protein  100 
 
 		 189 aa  393  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  51.87 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  49.45 
 
 		 197 aa  188  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  49.45 
 
 		 197 aa  186  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2871  integrase family protein  47.51 
 
 		 198 aa  185  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  49.73 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  49.73 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  49.18 
 
 		 200 aa  178  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  49.73 
 
 		 200 aa  177  5.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  46.96 
 
 		 191 aa  176  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2413  integrase family protein  45.56 
 
 		 182 aa  175  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  47.78 
 
 		 188 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  47.78 
 
 		 188 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  47.78 
 
 		 188 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04144  hypothetical protein  45.86 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04182  tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA  45.86 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4539  tyrosine recombinase  45.86 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00145575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4839  tyrosine recombinase  45.86 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5819  tyrosine recombinase  45.86 
 
 		 198 aa  170  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.97237 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4235  integrase family protein  53.9 
 
 		 153 aa  169  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.407611 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  51.27 
 
 		 173 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3684  integrase family protein  50 
 
 		 183 aa  165  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0312945  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04141  hypothetical protein  44.44 
 
 		 159 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.941036  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2682  integrase family protein  38.12 
 
 		 193 aa  123  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  39.13 
 
 		 204 aa  120  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  33.52 
 
 		 284 aa  101  8e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  32.92 
 
 		 296 aa  100  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  31.49 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  31.49 
 
 		 302 aa  99.8  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0016  Phage integrase  35.4 
 
 		 207 aa  99.4  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0260754  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  35.22 
 
 		 296 aa  99.4  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  32.14 
 
 		 302 aa  98.6  5e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  34.16 
 
 		 299 aa  98.6  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  28.82 
 
 		 304 aa  96.7  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  32.56 
 
 		 297 aa  96.7  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  34.83 
 
 		 313 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  32.61 
 
 		 298 aa  95.9  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.02 
 
 		 296 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.02 
 
 		 296 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  94.4  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.89 
 
 		 314 aa  94.4  8e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 308 aa  94.4  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  94.4  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  94.4  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.02 
 
 		 296 aa  94.4  9e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  34.18 
 
 		 309 aa  94.4  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  94.4  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  94.4  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  94.4  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.05 
 
 		 303 aa  94  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  32.68 
 
 		 314 aa  94  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  36.25 
 
 		 291 aa  93.6  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  93.6  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  32.28 
 
 		 277 aa  93.2  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  36.71 
 
 		 295 aa  93.2  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0382  integrase family protein  34.48 
 
 		 194 aa  93.2  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00636105 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  31.76 
 
 		 296 aa  92.8  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  34.91 
 
 		 310 aa  92.8  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.37 
 
 		 317 aa  92.4  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  32.18 
 
 		 307 aa  91.3  8e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 295 aa  91.3  8e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  34.78 
 
 		 296 aa  91.3  9e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 		 307 aa  90.5  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.42 
 
 		 311 aa  90.1  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 299 aa  90.9  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  37.71 
 
 		 298 aa  90.5  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3973  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 311 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.556004  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  34.18 
 
 		 300 aa  90.1  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  32.32 
 
 		 299 aa  89.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  30.27 
 
 		 302 aa  90.1  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 296 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 		 295 aa  90.1  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 310 aa  89.7  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.01 
 
 		 303 aa  89.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.01 
 
 		 303 aa  89.4  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  29.38 
 
 		 301 aa  89.4  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  31.06 
 
 		 291 aa  89.4  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.01 
 
 		 303 aa  89.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  30.19 
 
 		 299 aa  89.4  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  36.25 
 
 		 295 aa  88.2  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  31.87 
 
 		 303 aa  88.6  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  33.93 
 
 		 303 aa  88.6  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  31.9 
 
 		 332 aa  88.2  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  27.37 
 
 		 324 aa  88.2  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  35 
 
 		 294 aa  88.2  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 		 305 aa  88.2  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 		 299 aa  88.2  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.65 
 
 		 311 aa  87.8  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 		 296 aa  87.8  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 		 295 aa  87.8  9e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 		 295 aa  87.8  9e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  32.91 
 
 		 309 aa  87.4  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  31.65 
 
 		 317 aa  87.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 301 aa  87  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  32.9 
 
 		 299 aa  87.4  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 318 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 318 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  28.48 
 
 		 304 aa  87.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.37 
 
 		 299 aa  87.4  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>