More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2871 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2871  integrase family protein  100 
 
 		 198 aa  414  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  82.32 
 
 		 197 aa  343  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  81.31 
 
 		 197 aa  338  2.9999999999999998e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  63.02 
 
 		 191 aa  254  4e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  51.91 
 
 		 209 aa  209  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  54.35 
 
 		 188 aa  208  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  54.35 
 
 		 188 aa  208  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  54.35 
 
 		 188 aa  208  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  57.41 
 
 		 173 aa  201  8e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  50.27 
 
 		 200 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  50.27 
 
 		 200 aa  196  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  50.27 
 
 		 200 aa  195  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  50.27 
 
 		 200 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04182  tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA  49.72 
 
 		 198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4539  tyrosine recombinase  49.72 
 
 		 198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00145575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4839  tyrosine recombinase  49.72 
 
 		 198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04144  hypothetical protein  49.72 
 
 		 198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5819  tyrosine recombinase  49.72 
 
 		 198 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.97237 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2513  type 1 fimbriae regulatory protein  47.51 
 
 		 189 aa  185  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4235  integrase family protein  58 
 
 		 153 aa  181  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.407611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3684  integrase family protein  50.3 
 
 		 183 aa  180  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0312945  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2413  integrase family protein  51.37 
 
 		 182 aa  180  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04141  hypothetical protein  47.68 
 
 		 159 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.941036  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  38.62 
 
 		 204 aa  134  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2682  integrase family protein  38.25 
 
 		 193 aa  134  9e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0016  Phage integrase  37.89 
 
 		 207 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0260754  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  34.83 
 
 		 308 aa  103  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  37.3 
 
 		 302 aa  101  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  32.07 
 
 		 284 aa  100  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  34.24 
 
 		 296 aa  99  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  32.6 
 
 		 313 aa  97.1  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  33.33 
 
 		 297 aa  96.3  3e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  28.42 
 
 		 297 aa  95.5  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 		 296 aa  95.5  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  33.15 
 
 		 301 aa  95.1  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  34.12 
 
 		 302 aa  94.7  9e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.8 
 
 		 317 aa  94.4  9e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  32.94 
 
 		 302 aa  93.2  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 296 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 296 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 296 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  32.94 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 296 aa  93.2  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 296 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 296 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 		 296 aa  92.8  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 304 aa  92.8  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 		 311 aa  92.4  4e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  34.27 
 
 		 290 aa  91.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.98 
 
 		 314 aa  91.7  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  35.14 
 
 		 302 aa  91.7  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  32.75 
 
 		 304 aa  91.7  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2593  integrase family protein  28.74 
 
 		 291 aa  91.3  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 		 311 aa  90.5  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  31.87 
 
 		 294 aa  90.5  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  35.88 
 
 		 302 aa  90.5  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  30.94 
 
 		 291 aa  90.5  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 		 320 aa  89.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  32.4 
 
 		 295 aa  89.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  32.2 
 
 		 310 aa  89.7  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  34.27 
 
 		 304 aa  89  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.26 
 
 		 318 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.26 
 
 		 318 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 324 aa  88.2  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.26 
 
 		 318 aa  87.8  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  29.71 
 
 		 304 aa  87.4  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.68 
 
 		 321 aa  87.4  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  36.26 
 
 		 332 aa  87.4  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  26.04 
 
 		 307 aa  87.8  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  32.28 
 
 		 277 aa  87  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  30.98 
 
 		 302 aa  87.4  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 299 aa  87.4  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.95 
 
 		 298 aa  87  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  36.69 
 
 		 297 aa  86.7  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  33.52 
 
 		 313 aa  87  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  32.75 
 
 		 310 aa  87  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  34.09 
 
 		 317 aa  87  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  32.07 
 
 		 296 aa  87  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  33.54 
 
 		 295 aa  87  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  29.83 
 
 		 296 aa  86.3  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  32.07 
 
 		 309 aa  85.9  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  30.69 
 
 		 315 aa  85.5  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.96 
 
 		 300 aa  85.9  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.18 
 
 		 298 aa  85.5  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 294 aa  85.1  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  29.89 
 
 		 305 aa  85.1  6e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.86 
 
 		 308 aa  85.1  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  33.7 
 
 		 298 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>