More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_B0016 on replicon NC_007641
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007641  Rru_B0016  Phage integrase  100 
 
 		 207 aa  420  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0260754  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  50.26 
 
 		 204 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2682  integrase family protein  52.38 
 
 		 193 aa  178  4e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2413  integrase family protein  45.11 
 
 		 182 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  42.42 
 
 		 200 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  42.42 
 
 		 200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  42.26 
 
 		 200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  42.26 
 
 		 200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  38.64 
 
 		 209 aa  126  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04141  hypothetical protein  41.67 
 
 		 159 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.941036  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  39.75 
 
 		 197 aa  114  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04182  tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA  39.13 
 
 		 198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4539  tyrosine recombinase  39.13 
 
 		 198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00145575  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  39.75 
 
 		 197 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4839  tyrosine recombinase  39.13 
 
 		 198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04144  hypothetical protein  39.13 
 
 		 198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5819  tyrosine recombinase  39.13 
 
 		 198 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.97237 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2871  integrase family protein  37.89 
 
 		 198 aa  111  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  40.74 
 
 		 188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  40.74 
 
 		 188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  40.74 
 
 		 188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3684  integrase family protein  40.88 
 
 		 183 aa  108  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0312945  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  35.33 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  36.65 
 
 		 191 aa  102  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2513  type 1 fimbriae regulatory protein  35.4 
 
 		 189 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4235  integrase family protein  40.15 
 
 		 153 aa  98.2  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.407611 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  31.52 
 
 		 319 aa  81.6  0.000000000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0382  integrase family protein  31.01 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00636105 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.84 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  35.12 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.11 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  34.32 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  33.92 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  32.37 
 
 		 309 aa  75.1  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  30.93 
 
 		 307 aa  75.1  0.0000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  34.78 
 
 		 332 aa  75.1  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  34.81 
 
 		 303 aa  74.7  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  34.81 
 
 		 303 aa  74.7  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  30.93 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  35.14 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  32.18 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.88 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  33.93 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  33.93 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  33.72 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  35.06 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  30.93 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  34.09 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  36.84 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  33.93 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  34.48 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  29.65 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  34.52 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  33.13 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  34.13 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  34.59 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  29.78 
 
 		 307 aa  72  0.000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.62 
 
 		 305 aa  72  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.36 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  33.74 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  32.4 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  34.52 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  32.4 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  34.52 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  34.97 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  34.52 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  35.44 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  35.33 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  36.3 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.14 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  32.39 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  35.77 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  36.31 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.72 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29.17 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  29.19 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  33.53 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.52 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.76 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.52 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.18 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.3 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.56 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  32.54 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  33.14 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  34.42 
 
 		 295 aa  68.6  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  34.32 
 
 		 300 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  30.25 
 
 		 308 aa  68.6  0.00000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  32.54 
 
 		 300 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  29.38 
 
 		 292 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  36.3 
 
 		 304 aa  68.6  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.53 
 
 		 315 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  35.62 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>