More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3684 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04182  tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA  100 
 
 		 198 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4539  tyrosine recombinase  100 
 
 		 198 aa  378  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00145575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4839  tyrosine recombinase  100 
 
 		 198 aa  378  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04144  hypothetical protein  100 
 
 		 198 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3684  integrase family protein  100 
 
 		 183 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0312945  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5819  tyrosine recombinase  99.45 
 
 		 198 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.97237 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  55.81 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  52.94 
 
 		 173 aa  191  5e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  54.32 
 
 		 191 aa  187  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  52.33 
 
 		 197 aa  186  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  53.99 
 
 		 197 aa  185  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  53.53 
 
 		 200 aa  185  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  53.53 
 
 		 200 aa  185  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  53.53 
 
 		 200 aa  184  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  52.94 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2871  integrase family protein  50.3 
 
 		 198 aa  180  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  58.39 
 
 		 188 aa  180  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  58.39 
 
 		 188 aa  180  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  58.39 
 
 		 188 aa  180  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2413  integrase family protein  55 
 
 		 182 aa  171  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2513  type 1 fimbriae regulatory protein  50 
 
 		 189 aa  165  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4235  integrase family protein  53.29 
 
 		 153 aa  161  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.407611 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2682  integrase family protein  45.78 
 
 		 193 aa  150  8e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  43.83 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04141  hypothetical protein  46.76 
 
 		 159 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.941036  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0016  Phage integrase  40.88 
 
 		 207 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0260754  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  32.54 
 
 		 312 aa  98.6  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  35.71 
 
 		 302 aa  95.9  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  34.52 
 
 		 298 aa  94.4  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  39.74 
 
 		 311 aa  92  4e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.13 
 
 		 296 aa  91.3  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 296 aa  90.9  9e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 296 aa  90.9  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 296 aa  90.9  9e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 296 aa  90.9  9e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.13 
 
 		 296 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.13 
 
 		 296 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.13 
 
 		 296 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  35.85 
 
 		 302 aa  89.7  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  35.85 
 
 		 302 aa  90.1  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  39.35 
 
 		 310 aa  89.4  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  38.93 
 
 		 302 aa  90.1  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 296 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 296 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  35.85 
 
 		 302 aa  90.1  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.76 
 
 		 311 aa  89  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  36.05 
 
 		 304 aa  87.8  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.88 
 
 		 303 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  31.55 
 
 		 284 aa  87  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.88 
 
 		 303 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  37.41 
 
 		 297 aa  87.4  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.76 
 
 		 296 aa  86.3  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  36.42 
 
 		 332 aa  86.7  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  36.77 
 
 		 317 aa  86.7  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  36.31 
 
 		 319 aa  86.3  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.59 
 
 		 317 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0767  integrase family protein  35.33 
 
 		 371 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0883457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  35.85 
 
 		 299 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.14 
 
 		 299 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  34.23 
 
 		 327 aa  85.5  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.57 
 
 		 311 aa  85.5  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.81 
 
 		 299 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.49 
 
 		 314 aa  84.7  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  33.76 
 
 		 310 aa  84.7  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 292 aa  84.7  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  36.73 
 
 		 443 aa  84.3  8e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  35 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  34.66 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.44 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.44 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.22 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  34.23 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  34.23 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.95 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  33.54 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  38.51 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  34.19 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1716  tyrosine recombinase XerD  33.96 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.500655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  30.06 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.04 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  30.43 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.81 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  37.16 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.81 
 
 		 318 aa  82  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.81 
 
 		 318 aa  82  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 322 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 		 291 aa  81.6  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  35.62 
 
 		 373 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.57 
 
 		 316 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 305 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.32 
 
 		 295 aa  81.3  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 322 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.36 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 301 aa  81.6  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  34.69 
 
 		 335 aa  81.6  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 305 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 333 aa  81.3  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 318 aa  81.3  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 305 aa  81.3  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>