More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4235 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_4235  integrase family protein  100 
 
 		 153 aa  320  5e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.407611 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  60.14 
 
 		 200 aa  188  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  59.46 
 
 		 200 aa  187  4e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  59.46 
 
 		 200 aa  187  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  58.78 
 
 		 200 aa  186  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  55.19 
 
 		 209 aa  184  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  59.21 
 
 		 197 aa  184  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  58.55 
 
 		 197 aa  182  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2871  integrase family protein  58 
 
 		 198 aa  181  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  55.92 
 
 		 191 aa  178  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  57.24 
 
 		 188 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  57.24 
 
 		 188 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  57.24 
 
 		 188 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2513  type 1 fimbriae regulatory protein  53.9 
 
 		 189 aa  169  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  54.61 
 
 		 173 aa  166  9e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04182  tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA  53.29 
 
 		 198 aa  161  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04144  hypothetical protein  53.29 
 
 		 198 aa  161  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4839  tyrosine recombinase  53.29 
 
 		 198 aa  161  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4539  tyrosine recombinase  53.29 
 
 		 198 aa  161  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00145575  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3684  integrase family protein  53.29 
 
 		 183 aa  161  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0312945  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5819  tyrosine recombinase  53.29 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.97237 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2413  integrase family protein  47.68 
 
 		 182 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04141  hypothetical protein  54.17 
 
 		 159 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.941036  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  41.72 
 
 		 204 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2682  integrase family protein  41.06 
 
 		 193 aa  114  3.9999999999999997e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0016  Phage integrase  40.15 
 
 		 207 aa  98.2  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0260754  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  31.21 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0382  integrase family protein  32.39 
 
 		 194 aa  82.4  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00636105 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  32.67 
 
 		 308 aa  81.6  0.000000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.97 
 
 		 302 aa  80.5  0.000000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  29.8 
 
 		 304 aa  80.1  0.000000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  33.97 
 
 		 310 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  33.8 
 
 		 297 aa  78.6  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  32.39 
 
 		 296 aa  77.8  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 317 aa  77.4  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  31.69 
 
 		 301 aa  77.4  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  34.48 
 
 		 309 aa  77  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  32.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  32.69 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  34.25 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.79 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  30.32 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.79 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.5 
 
 		 300 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.79 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.79 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.79 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  32.45 
 
 		 303 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 318 aa  73.9  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 318 aa  73.9  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 317 aa  73.9  0.0000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  32.69 
 
 		 308 aa  73.6  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  33.77 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  34.64 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  32.24 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  32.26 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  33.77 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5294  integrase family protein  31.61 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  33.57 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  30.32 
 
 		 290 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 306 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 308 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.79 
 
 		 300 aa  70.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.37 
 
 		 304 aa  71.2  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  31.41 
 
 		 312 aa  70.9  0.000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  28.75 
 
 		 337 aa  70.9  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2593  integrase family protein  28.37 
 
 		 291 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  28.37 
 
 		 373 aa  70.9  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  31.69 
 
 		 310 aa  70.9  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  30.72 
 
 		 300 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.08 
 
 		 298 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  33.33 
 
 		 293 aa  70.5  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 299 aa  70.5  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 295 aa  70.5  0.000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  31.03 
 
 		 299 aa  70.5  0.000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 306 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  30.72 
 
 		 309 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  30.72 
 
 		 309 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  30.72 
 
 		 309 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 306 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.97 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  30.72 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  32.87 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  31.17 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 321 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.79 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.85 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>