More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0624 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  608  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  89.33 
 
 		 300 aa  556  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 		 300 aa  556  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 		 300 aa  556  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  88.67 
 
 		 300 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  88.33 
 
 		 300 aa  553  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 300 aa  332  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  54.73 
 
 		 300 aa  332  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 305 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 301 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 286 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.77 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.77 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.77 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.77 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.43 
 
 		 317 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.79 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.13 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.8 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.8 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.8 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00598  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.8 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133775  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00587  hypothetical protein  29.8 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  27.04 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  25.18 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 315 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  27.49 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  24.91 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  27.49 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  24.91 
 
 		 314 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  24.91 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  24.91 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  24.91 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  25.62 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 345 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 315 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.6 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0016  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.556165  normal  0.623653 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  24.47 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  26.98 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  24.47 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  24.47 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0015  putative LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0016  putative transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.709055  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  27.4 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0016  putative transcriptional regulator  25.74 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.944151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  23.89 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0016  putative transcriptional regulator  26.07 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  22.11 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  21.75 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  22.7 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  27.27 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 306 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  25.8 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  22.34 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  22.34 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  22.34 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  22.34 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  22.34 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>