More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3021 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 		 300 aa  607  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  98.67 
 
 		 300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 		 300 aa  556  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  54.7 
 
 		 300 aa  338  7e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 305 aa  337  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 300 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  53.02 
 
 		 301 aa  328  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  51.76 
 
 		 286 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.77 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.77 
 
 		 317 aa  135  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.13 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00598  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.77 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133775  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.77 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00587  hypothetical protein  29.77 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140972  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  27.05 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  25.27 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  26.51 
 
 		 298 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  26.51 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  93.2  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  25.89 
 
 		 322 aa  92  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  24.65 
 
 		 341 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  24.65 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  25.89 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  25.89 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  24.65 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  24.65 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  24.65 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  27.02 
 
 		 315 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  25.69 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 345 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  25.87 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  28.29 
 
 		 306 aa  86.3  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  24.15 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  25.96 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  25.17 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  28.82 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  26.35 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0016  putative transcriptional regulator  25.74 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.556165  normal  0.623653 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0015  putative LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  24.65 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0016  putative transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.709055  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.35 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0016  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0016  putative transcriptional regulator  25.08 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.944151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  24.48 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  24.48 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  24.48 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  24.48 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  24.48 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  27.21 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  24.22 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>