More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0996 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  100 
 
 
501 aa  927    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  54.38 
 
 
519 aa  403  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  55.43 
 
 
470 aa  404  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  55.28 
 
 
523 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  51.76 
 
 
519 aa  382  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  53.33 
 
 
519 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  52.17 
 
 
516 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  52.39 
 
 
519 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  51.88 
 
 
523 aa  367  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  36.05 
 
 
524 aa  256  5e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  40.99 
 
 
542 aa  250  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  40.14 
 
 
524 aa  243  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  35.15 
 
 
526 aa  237  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  35.54 
 
 
528 aa  231  2e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  32.66 
 
 
546 aa  186  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.21 
 
 
546 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  39.75 
 
 
516 aa  182  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  38.03 
 
 
518 aa  172  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  38.18 
 
 
1382 aa  164  3e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  41.7 
 
 
510 aa  163  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  30.46 
 
 
537 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  39.74 
 
 
527 aa  143  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  39.74 
 
 
527 aa  143  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  39.73 
 
 
554 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.71 
 
 
710 aa  138  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5851  NADH dehydrogenase subunit L  44.34 
 
 
535 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4034  NADH dehydrogenase subunit L  40.14 
 
 
509 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190531  normal  0.750928 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
551 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  32.87 
 
 
701 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.42 
 
 
559 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  34.07 
 
 
616 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  32.52 
 
 
768 aa  128  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  33.33 
 
 
616 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  32.23 
 
 
616 aa  127  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0281  hypothetical protein  33.93 
 
 
506 aa  127  7e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.49 
 
 
560 aa  127  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.69 
 
 
656 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  31.87 
 
 
615 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1132  NADH dehydrogenase (quinone)  30 
 
 
529 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0930  NADH dehydrogenase (quinone)  35.81 
 
 
495 aa  125  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07490  NADH dehydrogenase subunit L  31.65 
 
 
641 aa  124  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0146936 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.97 
 
 
613 aa  124  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
614 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4988  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.48 
 
 
736 aa  124  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
614 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.36 
 
 
565 aa  124  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  32.97 
 
 
613 aa  124  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
614 aa  124  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
611 aa  124  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.36 
 
 
565 aa  124  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
611 aa  124  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
611 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
611 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  32.97 
 
 
613 aa  124  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0850  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.12 
 
 
750 aa  123  8e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.30148 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0413  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.35 
 
 
676 aa  123  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  32.6 
 
 
613 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  35.62 
 
 
559 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2874  NADH dehydrogenase subunit L  33.56 
 
 
697 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.429312  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0441  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.01 
 
 
676 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.592794  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0276  hypothetical protein  33.21 
 
 
506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  32.98 
 
 
615 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0642  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  33.45 
 
 
770 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0442  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.25 
 
 
676 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0298  putative transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 
499 aa  120  6e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.21 
 
 
566 aa  120  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.42 
 
 
762 aa  120  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0297  NADH dehydrogenase (quinone)  47.79 
 
 
494 aa  120  7.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.00538088  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.45 
 
 
770 aa  120  7.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.43 
 
 
645 aa  119  9e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4156  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.02 
 
 
676 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0322847 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  29.47 
 
 
612 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.14 
 
 
643 aa  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  31.91 
 
 
617 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  32.57 
 
 
663 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.94 
 
 
634 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.83 
 
 
618 aa  118  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0550  NADH dehydrogenase subunit L  33.94 
 
 
636 aa  118  3e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.297459  normal  0.844264 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4909  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.33 
 
 
635 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.54 
 
 
650 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1566  NADH dehydrogenase subunit L  30.45 
 
 
643 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.42 
 
 
758 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.64 
 
 
759 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.42 
 
 
667 aa  117  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1272  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.27 
 
 
608 aa  117  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  32.65 
 
 
697 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3298  NADH dehydrogenase subunit L  34.07 
 
 
615 aa  116  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.982229  normal  0.619241 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3179  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.66 
 
 
625 aa  116  8.999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7680  NADH dehydrogenase subunit L  32.99 
 
 
638 aa  116  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.77 
 
 
667 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.74 
 
 
681 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2400  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  30.75 
 
 
669 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.47 
 
 
624 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>