More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3485 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  100 
 
 
527 aa  1006    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  100 
 
 
527 aa  1006    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5851  NADH dehydrogenase subunit L  62.33 
 
 
535 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4034  NADH dehydrogenase subunit L  64.22 
 
 
509 aa  429  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190531  normal  0.750928 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  45.25 
 
 
516 aa  277  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  39.64 
 
 
518 aa  257  3e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  54.74 
 
 
510 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  36.15 
 
 
537 aa  227  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  47.78 
 
 
524 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  46.47 
 
 
542 aa  223  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.23 
 
 
546 aa  211  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  41.64 
 
 
528 aa  209  9e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  35.24 
 
 
546 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  41.25 
 
 
526 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
524 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.72 
 
 
519 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  46.56 
 
 
470 aa  190  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.67 
 
 
516 aa  184  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  43.9 
 
 
519 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  38.43 
 
 
551 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.81 
 
 
523 aa  180  7e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  42.14 
 
 
519 aa  179  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  41.33 
 
 
1382 aa  179  1e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  47.51 
 
 
519 aa  177  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  40.43 
 
 
554 aa  176  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.69 
 
 
565 aa  167  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.69 
 
 
565 aa  167  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  44.91 
 
 
523 aa  166  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  39.72 
 
 
559 aa  164  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.88 
 
 
566 aa  162  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  42.97 
 
 
501 aa  159  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.08 
 
 
559 aa  158  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1132  NADH dehydrogenase (quinone)  28.2 
 
 
529 aa  149  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0281  hypothetical protein  33.78 
 
 
506 aa  148  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.33 
 
 
560 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0276  hypothetical protein  34.29 
 
 
506 aa  140  6e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5064  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.85 
 
 
649 aa  139  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0480  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.69 
 
 
639 aa  136  7.000000000000001e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0297  NADH dehydrogenase (quinone)  34.75 
 
 
494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.00538088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1354  NADH dehydrogenase subunit L  27.91 
 
 
695 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0117862  normal  0.0417376 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3179  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.57 
 
 
625 aa  133  6.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1866  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase chain L  32.01 
 
 
610 aa  133  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.01 
 
 
679 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3203  NADH dehydrogenase subunit L  27.24 
 
 
692 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161285  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0298  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
499 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4452  NADH dehydrogenase subunit L  30.34 
 
 
651 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.221921 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0938  NADH dehydrogenase subunit L  28.03 
 
 
692 aa  130  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4407  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.04 
 
 
636 aa  130  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0985  NADH dehydrogenase subunit L  32.62 
 
 
643 aa  130  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.18 
 
 
675 aa  129  9.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  28.37 
 
 
695 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4054  NADH dehydrogenase subunit L  29.96 
 
 
652 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.431336 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0391  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.21 
 
 
649 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0930  NADH dehydrogenase (quinone)  32.57 
 
 
495 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07490  NADH dehydrogenase subunit L  32.49 
 
 
641 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0146936 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1072  NADH dehydrogenase subunit L  27.49 
 
 
682 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1274  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.53 
 
 
678 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.202313 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7680  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
638 aa  128  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03270  NADH dehydrogenase subunit L  32.37 
 
 
632 aa  128  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2155  NADH dehydrogenase subunit L  27.34 
 
 
684 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.511007 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2276  NADH dehydrogenase subunit L  27.34 
 
 
684 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13177  NADH dehydrogenase subunit L  31.41 
 
 
633 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1039  NADH dehydrogenase subunit L  27.34 
 
 
684 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.726828  normal  0.66397 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0726  NADH dehydrogenase subunit L  27.15 
 
 
679 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.608468  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2051  NADH dehydrogenase subunit L  28.37 
 
 
686 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1818  NADH dehydrogenase subunit L  27.15 
 
 
679 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.179044  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1310  NADH dehydrogenase subunit L  27.15 
 
 
679 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0292  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  31.72 
 
 
642 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1446  NADH dehydrogenase subunit L  27.15 
 
 
679 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5566  NADH dehydrogenase subunit L  27.34 
 
 
684 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.541263  normal  0.19343 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1141  NADH dehydrogenase subunit L  27.15 
 
 
679 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2262  NADH dehydrogenase subunit L  27.34 
 
 
684 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231302 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1626  NADH dehydrogenase subunit L  27.34 
 
 
684 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0424  NADH dehydrogenase subunit L  27.15 
 
 
679 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.523849  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2238  NADH dehydrogenase subunit L  27.34 
 
 
684 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422777  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1301  NADH dehydrogenase subunit L  27.15 
 
 
679 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6671  NADH dehydrogenase subunit L  30.69 
 
 
644 aa  127  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.421809  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.3 
 
 
631 aa  126  7e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0595  NADH dehydrogenase (quinone)  32.6 
 
 
640 aa  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3218  NADH dehydrogenase subunit L  32.48 
 
 
642 aa  127  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136607  normal  0.0162367 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1512  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.34 
 
 
666 aa  127  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00433523 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1998  NADH dehydrogenase subunit L  27.74 
 
 
689 aa  126  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.304901 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0960  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  28.77 
 
 
682 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476185  normal  0.546603 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01298  NADH dehydrogenase subunit L  26.11 
 
 
719 aa  126  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300532  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_802  NADH:quinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)  30.48 
 
 
654 aa  125  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0967  NADH dehydrogenase I, L subunit  28.19 
 
 
614 aa  125  2e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.597239  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0476  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  27.24 
 
 
621 aa  125  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0461902  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.66 
 
 
685 aa  125  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.99 
 
 
733 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0459554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0968  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.72 
 
 
672 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.159681 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1880  NADH dehydrogenase subunit L  28.03 
 
 
686 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.835925  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2203  NADH dehydrogenase subunit L  28.03 
 
 
686 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786286  normal  0.908285 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0883  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.37 
 
 
671 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.3 
 
 
686 aa  125  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2820  NADH dehydrogenase subunit L  27.87 
 
 
724 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586459  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0719  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.97 
 
 
667 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.23817  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1414  NADH dehydrogenase (quinone)  26.99 
 
 
670 aa  124  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0499245 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0550  NADH dehydrogenase subunit L  31.39 
 
 
636 aa  124  4e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.297459  normal  0.844264 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2802  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.57 
 
 
673 aa  124  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1504  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.72 
 
 
671 aa  124  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0410124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>