More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0832 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 
516 aa  999    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  68.35 
 
 
519 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  63.95 
 
 
519 aa  594  1e-168  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  65.23 
 
 
519 aa  593  1e-168  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  66.94 
 
 
519 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  68.39 
 
 
470 aa  581  1e-164  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  68.32 
 
 
523 aa  572  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  63.2 
 
 
523 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  52.17 
 
 
501 aa  393  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  42.77 
 
 
524 aa  356  6.999999999999999e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  47.19 
 
 
542 aa  325  8.000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  46.21 
 
 
524 aa  322  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  42.31 
 
 
528 aa  322  9.999999999999999e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  42.18 
 
 
526 aa  318  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.51 
 
 
546 aa  229  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  34.73 
 
 
546 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  38.14 
 
 
516 aa  227  5.0000000000000005e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  47.44 
 
 
510 aa  226  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  42.71 
 
 
518 aa  211  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  36.35 
 
 
1382 aa  208  2e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  32.53 
 
 
537 aa  207  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  35.83 
 
 
551 aa  187  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4034  NADH dehydrogenase subunit L  45.76 
 
 
509 aa  181  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190531  normal  0.750928 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.64 
 
 
559 aa  181  2.9999999999999997e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  41.06 
 
 
559 aa  179  9e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  40.26 
 
 
527 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  40.26 
 
 
527 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.31 
 
 
560 aa  177  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5851  NADH dehydrogenase subunit L  42.96 
 
 
535 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0276  hypothetical protein  35.09 
 
 
506 aa  165  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0281  hypothetical protein  35.21 
 
 
506 aa  163  8.000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.29 
 
 
656 aa  162  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0298  putative transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 
499 aa  160  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  44.14 
 
 
554 aa  160  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.13 
 
 
685 aa  157  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.46 
 
 
686 aa  157  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.64 
 
 
565 aa  156  8e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.64 
 
 
565 aa  156  8e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  32.84 
 
 
768 aa  155  1e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.08 
 
 
618 aa  152  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.07 
 
 
566 aa  152  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0639  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.01 
 
 
639 aa  150  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1634  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.01 
 
 
639 aa  150  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3182  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.01 
 
 
639 aa  150  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07490  NADH dehydrogenase subunit L  32.77 
 
 
641 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0146936 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.37 
 
 
759 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0424  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
679 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.523849  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1301  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
679 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1818  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
679 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.179044  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1446  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
679 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1072  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
682 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0726  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
679 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.608468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1310  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
679 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0938  NADH dehydrogenase subunit L  30 
 
 
692 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1141  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
679 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237098  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0930  NADH dehydrogenase (quinone)  37.7 
 
 
495 aa  148  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.35 
 
 
642 aa  148  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0480  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.21 
 
 
639 aa  147  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1959  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.72 
 
 
653 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0502995 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  29.58 
 
 
695 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  32.24 
 
 
701 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0660  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.25 
 
 
687 aa  147  4.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.64 
 
 
770 aa  147  5e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  33.12 
 
 
616 aa  147  6e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1535  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.05 
 
 
691 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  29.72 
 
 
695 aa  146  7.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.949191  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  33.44 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.44 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  33.44 
 
 
611 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  33.44 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  33.44 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  33.44 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  34.6 
 
 
614 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  33.44 
 
 
611 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  33.44 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  33.55 
 
 
615 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  34.6 
 
 
614 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  34.6 
 
 
614 aa  145  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  33.11 
 
 
613 aa  145  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2203  NADH dehydrogenase subunit L  30 
 
 
686 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786286  normal  0.908285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.71 
 
 
679 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  31.91 
 
 
688 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  35.09 
 
 
613 aa  144  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1327  NADH dehydrogenase subunit L  30.91 
 
 
685 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0169357 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2246  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.63 
 
 
660 aa  144  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025541 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.21 
 
 
645 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1039  NADH dehydrogenase subunit L  29.68 
 
 
684 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.726828  normal  0.66397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2619  NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  30.63 
 
 
654 aa  144  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1998  NADH dehydrogenase subunit L  28.62 
 
 
689 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.304901 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2155  NADH dehydrogenase subunit L  29.68 
 
 
684 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.511007 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3203  NADH dehydrogenase subunit L  28.71 
 
 
692 aa  144  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161285  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.27 
 
 
762 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2276  NADH dehydrogenase subunit L  29.68 
 
 
684 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.138881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2262  NADH dehydrogenase subunit L  29.68 
 
 
684 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231302 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1626  NADH dehydrogenase subunit L  29.68 
 
 
684 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2238  NADH dehydrogenase subunit L  29.68 
 
 
684 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422777  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.4 
 
 
642 aa  144  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5566  NADH dehydrogenase subunit L  29.68 
 
 
684 aa  144  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.541263  normal  0.19343 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1880  NADH dehydrogenase subunit L  29.35 
 
 
686 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.835925  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.3 
 
 
618 aa  143  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>