More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3404 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 
523 aa  1002    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  76.94 
 
 
470 aa  667    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  67.31 
 
 
519 aa  622  1e-177  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  67.59 
 
 
519 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  66.35 
 
 
519 aa  602  1.0000000000000001e-171  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  68.73 
 
 
519 aa  590  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  62.84 
 
 
516 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  65.75 
 
 
523 aa  569  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  55.18 
 
 
501 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  42.95 
 
 
524 aa  341  2e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  45.91 
 
 
542 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  44.98 
 
 
524 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  40.78 
 
 
528 aa  320  3e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  41.05 
 
 
526 aa  318  1e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  33.33 
 
 
546 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.33 
 
 
546 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  48.24 
 
 
516 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  45.14 
 
 
518 aa  218  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  48.43 
 
 
510 aa  216  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  35.93 
 
 
1382 aa  211  2e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  38.84 
 
 
551 aa  199  7.999999999999999e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  38.79 
 
 
537 aa  197  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  41.81 
 
 
527 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  41.81 
 
 
527 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  45.88 
 
 
554 aa  177  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4034  NADH dehydrogenase subunit L  43.98 
 
 
509 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190531  normal  0.750928 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.36 
 
 
559 aa  170  5e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5851  NADH dehydrogenase subunit L  38.54 
 
 
535 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.89 
 
 
645 aa  156  8e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.98 
 
 
560 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0281  hypothetical protein  33.66 
 
 
506 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  38.08 
 
 
559 aa  154  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1132  NADH dehydrogenase (quinone)  30.18 
 
 
529 aa  154  5e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0298  putative transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 
499 aa  152  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.62 
 
 
565 aa  151  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.62 
 
 
565 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  33.45 
 
 
768 aa  150  6e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0850  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.1 
 
 
750 aa  150  6e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.30148 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0276  hypothetical protein  33.02 
 
 
506 aa  149  9e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  31.43 
 
 
612 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.75 
 
 
759 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.91 
 
 
650 aa  148  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.21 
 
 
656 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.06 
 
 
762 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.73 
 
 
686 aa  144  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.55 
 
 
566 aa  144  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07490  NADH dehydrogenase subunit L  33.22 
 
 
641 aa  144  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0146936 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.75 
 
 
758 aa  144  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.45 
 
 
770 aa  144  5e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0967  NADH dehydrogenase I, L subunit  30.03 
 
 
614 aa  144  5e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.597239  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0480  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.14 
 
 
639 aa  144  5e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.09 
 
 
685 aa  144  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1327  NADH dehydrogenase subunit L  34.14 
 
 
685 aa  143  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0169357 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1153  NADH dehydrogenase I chain L  32.55 
 
 
669 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.45 
 
 
710 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.53 
 
 
628 aa  141  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  32.25 
 
 
663 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0642  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  32.75 
 
 
770 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  29.58 
 
 
620 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1739  NADH dehydrogenase subunit L  32.21 
 
 
596 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.409991  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0550  NADH dehydrogenase subunit L  32.41 
 
 
636 aa  140  6e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.297459  normal  0.844264 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0639  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.86 
 
 
639 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1634  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.86 
 
 
639 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3182  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.86 
 
 
639 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.79 
 
 
642 aa  140  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4988  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.53 
 
 
736 aa  140  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1553  NADH dehydrogenase subunit L  32.21 
 
 
596 aa  140  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00128293  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.04 
 
 
618 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1535  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.33 
 
 
691 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0192  NADH dehydrogenase subunit L  30.22 
 
 
610 aa  139  1e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  33.33 
 
 
701 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  35.09 
 
 
620 aa  138  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1919  NADH dehydrogenase subunit L  31.54 
 
 
596 aa  139  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0146018  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0758  NADH dehydrogenase subunit L  34.59 
 
 
706 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2705  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.83 
 
 
659 aa  137  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.86 
 
 
643 aa  137  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.14 
 
 
622 aa  137  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.74 
 
 
642 aa  137  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  33.21 
 
 
695 aa  137  6.0000000000000005e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.949191  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1272  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.03 
 
 
608 aa  137  6.0000000000000005e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2802  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.59 
 
 
673 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2400  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.34 
 
 
669 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.91 
 
 
624 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3868  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.89 
 
 
696 aa  135  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0293  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.98 
 
 
669 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1272  NADH dehydrogenase subunit L  30.9 
 
 
666 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  32.23 
 
 
688 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
683 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0297  NADH dehydrogenase (quinone)  35.29 
 
 
494 aa  134  3e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.00538088  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0442  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.13 
 
 
676 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  33.7 
 
 
615 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.34 
 
 
679 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0441  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.4 
 
 
676 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.592794  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1072  NADH dehydrogenase subunit L  30.94 
 
 
682 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.45 
 
 
667 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0726  NADH dehydrogenase subunit L  31.18 
 
 
679 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.608468  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1818  NADH dehydrogenase subunit L  31.18 
 
 
679 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.179044  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1141  NADH dehydrogenase subunit L  31.18 
 
 
679 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0424  NADH dehydrogenase subunit L  31.18 
 
 
679 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.523849  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1310  NADH dehydrogenase subunit L  31.18 
 
 
679 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>