More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0653 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  78.03 
 
 
519 aa  672    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  71.29 
 
 
519 aa  660    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 
519 aa  993    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  76.3 
 
 
519 aa  710    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  78.46 
 
 
523 aa  680    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  70 
 
 
470 aa  615  1e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  65.95 
 
 
516 aa  608  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  67.87 
 
 
523 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  53.06 
 
 
501 aa  392  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  48.79 
 
 
542 aa  365  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  43.66 
 
 
524 aa  358  9.999999999999999e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  48.44 
 
 
524 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  45.71 
 
 
526 aa  345  1e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  44.84 
 
 
528 aa  342  8e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  36.59 
 
 
546 aa  264  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.07 
 
 
546 aa  264  4e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  42.06 
 
 
516 aa  256  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  51.19 
 
 
510 aa  230  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  45.96 
 
 
518 aa  224  2e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  37.44 
 
 
1382 aa  209  1e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  35.09 
 
 
537 aa  208  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  37.44 
 
 
551 aa  204  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.89 
 
 
559 aa  190  4e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4034  NADH dehydrogenase subunit L  45.82 
 
 
509 aa  182  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190531  normal  0.750928 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.68 
 
 
560 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  42.29 
 
 
559 aa  179  9e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  46.01 
 
 
527 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  46.01 
 
 
527 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.57 
 
 
565 aa  177  6e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.57 
 
 
565 aa  176  7e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5851  NADH dehydrogenase subunit L  40.56 
 
 
535 aa  176  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  36.54 
 
 
554 aa  176  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.43 
 
 
566 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.46 
 
 
656 aa  160  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0660  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.55 
 
 
687 aa  158  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.99 
 
 
645 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0480  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.21 
 
 
639 aa  157  6e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1132  NADH dehydrogenase (quinone)  32.75 
 
 
529 aa  155  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.15 
 
 
643 aa  155  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.68 
 
 
686 aa  154  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  33.97 
 
 
695 aa  152  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.949191  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1535  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  32.41 
 
 
691 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.17 
 
 
685 aa  150  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0281  hypothetical protein  32.05 
 
 
506 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  34.55 
 
 
768 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4988  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.33 
 
 
736 aa  149  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1977  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.23 
 
 
665 aa  148  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.31 
 
 
642 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.09 
 
 
679 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0276  hypothetical protein  32.6 
 
 
506 aa  147  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0298  putative transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 
499 aa  146  7.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2289  NADH dehydrogenase subunit L  32.75 
 
 
689 aa  146  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07490  NADH dehydrogenase subunit L  34.95 
 
 
641 aa  146  8.000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0146936 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.31 
 
 
770 aa  146  8.000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1746  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.04 
 
 
696 aa  146  8.000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.275907  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  33.8 
 
 
613 aa  146  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.8 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  34.53 
 
 
617 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  33.8 
 
 
613 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
613 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  33.8 
 
 
613 aa  146  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
613 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
613 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  33.8 
 
 
611 aa  146  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  33.8 
 
 
613 aa  146  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
611 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  33.8 
 
 
611 aa  146  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
613 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  33.8 
 
 
613 aa  146  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0932  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.46 
 
 
642 aa  145  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1818  NADH dehydrogenase subunit L  32.5 
 
 
679 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.179044  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0424  NADH dehydrogenase subunit L  32.5 
 
 
679 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.523849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1446  NADH dehydrogenase subunit L  32.5 
 
 
679 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.08 
 
 
618 aa  145  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1301  NADH dehydrogenase subunit L  32.5 
 
 
679 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0726  NADH dehydrogenase subunit L  32.5 
 
 
679 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.608468  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
611 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1141  NADH dehydrogenase subunit L  32.5 
 
 
679 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237098  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1310  NADH dehydrogenase subunit L  32.5 
 
 
679 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1327  NADH dehydrogenase subunit L  34.92 
 
 
685 aa  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0169357 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  33.69 
 
 
620 aa  144  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1998  NADH dehydrogenase subunit L  32.74 
 
 
689 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.304901 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.68 
 
 
622 aa  144  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  34.01 
 
 
701 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.65 
 
 
710 aa  144  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2802  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.79 
 
 
673 aa  144  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1072  NADH dehydrogenase subunit L  32.37 
 
 
682 aa  144  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.88 
 
 
759 aa  144  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1274  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.23 
 
 
678 aa  144  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.202313 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5217  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.64 
 
 
693 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  32.89 
 
 
663 aa  143  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1336  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.1 
 
 
690 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4024  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  32.7 
 
 
693 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4062  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  32.7 
 
 
691 aa  143  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.697145  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1435  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.37 
 
 
674 aa  143  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.353757  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  34.51 
 
 
614 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  34.51 
 
 
614 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  34.01 
 
 
683 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  34.51 
 
 
614 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  34.3 
 
 
615 aa  142  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>