More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1662 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  100 
 
 
546 aa  1088    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  98.35 
 
 
546 aa  1072    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  53.25 
 
 
1382 aa  498  1e-139  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  38.88 
 
 
542 aa  283  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  38.65 
 
 
524 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  36.7 
 
 
528 aa  273  6e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  37.31 
 
 
526 aa  271  2e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  36.54 
 
 
524 aa  267  4e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  38.85 
 
 
551 aa  264  4e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.92 
 
 
519 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  36.18 
 
 
519 aa  231  3e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  37.72 
 
 
519 aa  229  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  36.06 
 
 
523 aa  228  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  36.44 
 
 
470 aa  226  8e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.33 
 
 
523 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  35.14 
 
 
519 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  37.19 
 
 
516 aa  212  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.02 
 
 
516 aa  205  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  42.86 
 
 
518 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  34.89 
 
 
537 aa  196  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  43.11 
 
 
510 aa  192  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  34.91 
 
 
527 aa  188  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  34.91 
 
 
527 aa  188  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  31.97 
 
 
501 aa  182  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4034  NADH dehydrogenase subunit L  41.52 
 
 
509 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190531  normal  0.750928 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5851  NADH dehydrogenase subunit L  38.03 
 
 
535 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  38.63 
 
 
554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.29 
 
 
656 aa  151  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.83 
 
 
559 aa  150  8e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.49 
 
 
631 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07490  NADH dehydrogenase subunit L  32.49 
 
 
641 aa  146  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0146936 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.63 
 
 
643 aa  145  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.89 
 
 
679 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4407  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.71 
 
 
636 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  33.22 
 
 
620 aa  145  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1746  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.53 
 
 
696 aa  144  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.275907  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4452  NADH dehydrogenase subunit L  30.75 
 
 
651 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.221921 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5064  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.72 
 
 
649 aa  144  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0660  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.88 
 
 
687 aa  144  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0251  NADH dehydrogenase subunit L  30.18 
 
 
713 aa  143  8e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.91 
 
 
685 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  33.92 
 
 
695 aa  142  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.949191  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4054  NADH dehydrogenase subunit L  30.14 
 
 
652 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.431336 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1504  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.56 
 
 
671 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0410124  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0280  NADH dehydrogenase subunit L  30.18 
 
 
713 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.346221  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0298  putative transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 
499 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  31.52 
 
 
768 aa  141  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0550  NADH dehydrogenase subunit L  30.05 
 
 
636 aa  141  3e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.297459  normal  0.844264 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.79 
 
 
618 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.21 
 
 
686 aa  140  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  33.22 
 
 
662 aa  139  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.5 
 
 
560 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.46 
 
 
628 aa  139  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.16 
 
 
758 aa  139  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1274  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.91 
 
 
678 aa  139  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.202313 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0278  NADH dehydrogenase subunit L  32.36 
 
 
634 aa  139  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0476  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  29.9 
 
 
621 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0461902  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13177  NADH dehydrogenase subunit L  31.29 
 
 
633 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2802  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.06 
 
 
673 aa  138  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  31.21 
 
 
695 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  31.79 
 
 
559 aa  137  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02211  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  32.52 
 
 
668 aa  137  4e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.292389  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3499  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.21 
 
 
676 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.39 
 
 
642 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.07 
 
 
759 aa  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.88 
 
 
770 aa  137  5e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0642  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  31.54 
 
 
770 aa  137  5e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  31.05 
 
 
688 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.98 
 
 
681 aa  137  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0985  NADH dehydrogenase subunit L  31.41 
 
 
643 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0293  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.77 
 
 
669 aa  137  6.0000000000000005e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.62 
 
 
565 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  32.86 
 
 
701 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.03 
 
 
762 aa  136  8e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5090  NADH dehydrogenase subunit L  33.56 
 
 
620 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0281  hypothetical protein  32.51 
 
 
506 aa  136  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2820  NADH dehydrogenase subunit L  29.59 
 
 
724 aa  136  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586459  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1515  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  32.06 
 
 
668 aa  136  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3403  F420H2 dehydrogenase subunit L  33.74 
 
 
667 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.754299  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4062  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.32 
 
 
691 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.697145  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4024  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.32 
 
 
693 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3203  NADH dehydrogenase subunit L  30.88 
 
 
692 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161285  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0938  NADH dehydrogenase subunit L  30.8 
 
 
692 aa  136  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1435  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.14 
 
 
674 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.353757  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03270  NADH dehydrogenase subunit L  32.81 
 
 
632 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4992  NADH dehydrogenase subunit L  32.78 
 
 
620 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.33 
 
 
705 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.280031  normal  0.222128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.82 
 
 
566 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1074  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.33 
 
 
703 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345965 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1977  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.33 
 
 
665 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.01 
 
 
650 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1203  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.33 
 
 
703 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0391  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.86 
 
 
649 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  32.41 
 
 
697 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1354  NADH dehydrogenase subunit L  30.53 
 
 
695 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0117862  normal  0.0417376 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0480  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.8 
 
 
639 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0531  NADH dehydrogenase subunit L  31.43 
 
 
643 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5142  NADH dehydrogenase subunit L  32.45 
 
 
620 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5468  NADH dehydrogenase subunit L  33.56 
 
 
620 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5534  NADH dehydrogenase subunit L  32.45 
 
 
604 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>