More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2019 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  100 
 
 
510 aa  971    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  50.61 
 
 
516 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  40.97 
 
 
537 aa  271  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  48.06 
 
 
542 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  45.03 
 
 
527 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  42.19 
 
 
518 aa  262  1e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  45.03 
 
 
527 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  50.34 
 
 
524 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  44.92 
 
 
524 aa  257  4e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5851  NADH dehydrogenase subunit L  45.58 
 
 
535 aa  256  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  45.9 
 
 
528 aa  251  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  44.82 
 
 
526 aa  249  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  52.6 
 
 
519 aa  242  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  49.23 
 
 
519 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.72 
 
 
516 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4034  NADH dehydrogenase subunit L  55.36 
 
 
509 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190531  normal  0.750928 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  48.1 
 
 
470 aa  232  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.73 
 
 
546 aa  229  8e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  35.73 
 
 
546 aa  229  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  46.61 
 
 
519 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  50.51 
 
 
523 aa  219  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  47.39 
 
 
523 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  43.28 
 
 
1382 aa  211  3e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  47.75 
 
 
519 aa  209  8e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  42.01 
 
 
554 aa  209  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  40.61 
 
 
551 aa  209  1e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  40.21 
 
 
559 aa  189  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.09 
 
 
559 aa  188  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  42.9 
 
 
501 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.1 
 
 
560 aa  182  9.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.01 
 
 
565 aa  170  7e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.01 
 
 
565 aa  170  7e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.05 
 
 
566 aa  167  5e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0276  hypothetical protein  35.95 
 
 
506 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.3 
 
 
646 aa  158  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4401  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.79 
 
 
704 aa  157  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.908035 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.58 
 
 
643 aa  155  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1327  NADH dehydrogenase subunit L  31.82 
 
 
685 aa  155  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0169357 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0281  hypothetical protein  35.35 
 
 
506 aa  154  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1746  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.02 
 
 
696 aa  154  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.275907  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  34.3 
 
 
695 aa  153  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.949191  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1993  NADH dehydrogenase subunit L  32.01 
 
 
715 aa  154  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351523  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0084  NADH dehydrogenase subunit 5  36.1 
 
 
498 aa  153  7e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4137  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.42 
 
 
701 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.768208  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0967  NADH dehydrogenase I, L subunit  32.88 
 
 
614 aa  151  3e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.597239  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0293  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.55 
 
 
669 aa  150  4e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2821  NADH dehydrogenase subunit L  31.19 
 
 
694 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0940629 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2527  NADH dehydrogenase subunit L  31.1 
 
 
720 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3179  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.9 
 
 
625 aa  149  8e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1876  NADH dehydrogenase subunit L  32.1 
 
 
688 aa  149  9e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.183339 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1189  NADH dehydrogenase subunit L  31.1 
 
 
720 aa  149  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.495317  normal  0.332417 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  31.99 
 
 
688 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  31.46 
 
 
683 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2048  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.58 
 
 
702 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2400  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.55 
 
 
669 aa  149  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2289  NADH dehydrogenase subunit L  29.72 
 
 
689 aa  148  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.98 
 
 
686 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1203  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.95 
 
 
703 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26701  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.18 
 
 
670 aa  148  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  30.25 
 
 
701 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0758  NADH dehydrogenase subunit L  29.88 
 
 
706 aa  148  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5064  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.22 
 
 
649 aa  147  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1074  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.95 
 
 
703 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345965 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0476  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  29.9 
 
 
621 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0461902  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.95 
 
 
705 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.280031  normal  0.222128 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.05 
 
 
733 aa  147  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0459554 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0374  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.02 
 
 
625 aa  147  6e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1132  NADH dehydrogenase (quinone)  30.54 
 
 
529 aa  146  7.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13177  NADH dehydrogenase subunit L  34.81 
 
 
633 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.17 
 
 
681 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.12 
 
 
650 aa  146  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.17 
 
 
685 aa  145  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1194  NADH dehydrogenase subunit L  31.01 
 
 
711 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1336  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.23 
 
 
690 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.29 
 
 
628 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.29 
 
 
642 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0554  NADH dehydrogenase I, L subunit  30.23 
 
 
621 aa  145  2e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.445121  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4452  NADH dehydrogenase subunit L  33.91 
 
 
651 aa  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.221921 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1535  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.45 
 
 
691 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2387  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.85 
 
 
666 aa  144  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00790686  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0014  NADH dehydrogenase I, L subunit  34.15 
 
 
655 aa  144  4e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.65 
 
 
762 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  31.48 
 
 
662 aa  144  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0480  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.17 
 
 
639 aa  144  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  31.01 
 
 
695 aa  144  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4550  NADH dehydrogenase subunit L  32.96 
 
 
695 aa  144  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852267  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2874  NADH dehydrogenase subunit L  31.17 
 
 
697 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.429312  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1609  NADH dehydrogenase subunit 5  34.03 
 
 
498 aa  144  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46494  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1515  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.09 
 
 
668 aa  143  7e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  33.1 
 
 
611 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1357  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.23 
 
 
688 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592157  normal  0.205396 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4733  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.69 
 
 
689 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0478983  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  33.1 
 
 
611 aa  143  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4062  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.45 
 
 
691 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.697145  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0251  NADH dehydrogenase subunit L  29.7 
 
 
713 aa  143  8e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  31.83 
 
 
612 aa  143  8e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4024  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.45 
 
 
693 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4054  NADH dehydrogenase subunit L  33.56 
 
 
652 aa  143  9e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.431336 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  33.1 
 
 
613 aa  143  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  33.1 
 
 
613 aa  143  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>