More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2655 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  100 
 
 
559 aa  1091    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  61 
 
 
559 aa  650    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  61.92 
 
 
560 aa  627  1e-178  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  60.04 
 
 
565 aa  596  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  60.04 
 
 
565 aa  595  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  56.99 
 
 
566 aa  553  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1132  NADH dehydrogenase (quinone)  35.06 
 
 
529 aa  310  2.9999999999999997e-83  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1414  NADH dehydrogenase (quinone)  36.71 
 
 
670 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0499245 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.99 
 
 
643 aa  212  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  37.17 
 
 
663 aa  212  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0967  NADH dehydrogenase I, L subunit  32.91 
 
 
614 aa  212  2e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.597239  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.53 
 
 
628 aa  211  3e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1746  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.24 
 
 
696 aa  210  6e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.275907  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2821  NADH dehydrogenase subunit L  35.7 
 
 
694 aa  209  9e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0940629 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.62 
 
 
675 aa  209  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1953  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.07 
 
 
652 aa  208  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.146282  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0932  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.77 
 
 
642 aa  206  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  35.73 
 
 
695 aa  206  7e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.949191  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2802  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.84 
 
 
673 aa  206  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0660  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.62 
 
 
687 aa  206  1e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1504  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.05 
 
 
671 aa  205  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0410124  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  32.35 
 
 
662 aa  205  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1566  NADH dehydrogenase subunit L  36.32 
 
 
643 aa  204  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0014  NADH dehydrogenase I, L subunit  37.89 
 
 
655 aa  204  3e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.82 
 
 
656 aa  204  3e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0554  NADH dehydrogenase I, L subunit  31.08 
 
 
621 aa  204  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.445121  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  30.21 
 
 
612 aa  204  4e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  42.37 
 
 
542 aa  203  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1274  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.97 
 
 
678 aa  203  5e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.202313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.49 
 
 
641 aa  203  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0883  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.51 
 
 
671 aa  203  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3499  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.42 
 
 
676 aa  203  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.62 
 
 
679 aa  202  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0901  NADH dehydrogenase subunit L  33.33 
 
 
664 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1272  NADH dehydrogenase subunit L  36.19 
 
 
666 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0476  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  31 
 
 
621 aa  201  3e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0461902  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2050  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.05 
 
 
670 aa  201  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1364  NADH dehydrogenase subunit L  37.16 
 
 
666 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.703678  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0960  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  33.6 
 
 
682 aa  200  7e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476185  normal  0.546603 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0789  NADH dehydrogenase subunit L  32.74 
 
 
654 aa  200  7e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0323982  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2387  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40 
 
 
666 aa  199  7.999999999999999e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00790686  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1354  NADH dehydrogenase subunit L  34.3 
 
 
695 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0117862  normal  0.0417376 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1512  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.88 
 
 
666 aa  199  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00433523 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.19 
 
 
667 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1072  NADH dehydrogenase subunit L  35.17 
 
 
682 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1959  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.08 
 
 
653 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0502995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3245  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.68 
 
 
678 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211408  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4452  NADH dehydrogenase subunit L  36.57 
 
 
651 aa  197  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.221921 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.48 
 
 
667 aa  197  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.52 
 
 
646 aa  197  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2051  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
686 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  38.89 
 
 
701 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3203  NADH dehydrogenase subunit L  34.56 
 
 
692 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161285  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4054  NADH dehydrogenase subunit L  36.74 
 
 
652 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.431336 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1754  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.93 
 
 
656 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.48 
 
 
631 aa  197  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.06 
 
 
681 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.28 
 
 
733 aa  197  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0459554 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.06 
 
 
675 aa  196  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.05 
 
 
685 aa  197  6e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2289  NADH dehydrogenase subunit L  33.33 
 
 
689 aa  197  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0968  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.6 
 
 
672 aa  196  6e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.159681 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2825  NADH-quinone oxidoreductase chain L  30.81 
 
 
657 aa  196  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.66 
 
 
650 aa  196  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  37.5 
 
 
688 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1141  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
679 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237098  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  42.96 
 
 
524 aa  195  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0726  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
679 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.608468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1301  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
679 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1818  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
679 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.179044  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1310  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
679 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2694  NADH-quinone oxidoreductase chain L  30.81 
 
 
657 aa  195  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.19 
 
 
725 aa  195  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.540916 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1446  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
679 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2554  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  35.11 
 
 
650 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2246  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.58 
 
 
660 aa  195  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025541 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2619  NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  33.58 
 
 
654 aa  195  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1977  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  39.5 
 
 
665 aa  195  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0424  NADH dehydrogenase subunit L  35.47 
 
 
679 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.523849  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2096  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.73 
 
 
726 aa  194  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2203  NADH dehydrogenase subunit L  35.17 
 
 
686 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786286  normal  0.908285 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3743  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.51 
 
 
651 aa  194  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.48 
 
 
618 aa  194  4e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  37.46 
 
 
695 aa  194  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1153  NADH dehydrogenase I chain L  34.15 
 
 
669 aa  194  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1880  NADH dehydrogenase subunit L  35.57 
 
 
686 aa  194  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.835925  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  37.26 
 
 
683 aa  193  7e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01298  NADH dehydrogenase subunit L  37.8 
 
 
719 aa  193  8e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300532  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5217  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.6 
 
 
693 aa  193  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2262  NADH dehydrogenase subunit L  35.59 
 
 
684 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1435  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.43 
 
 
674 aa  192  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.353757  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.77 
 
 
686 aa  192  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.25 
 
 
667 aa  192  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5566  NADH dehydrogenase subunit L  35.59 
 
 
684 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.541263  normal  0.19343 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1626  NADH dehydrogenase subunit L  35.59 
 
 
684 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2238  NADH dehydrogenase subunit L  35.59 
 
 
684 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422777  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1993  NADH dehydrogenase subunit L  32.33 
 
 
715 aa  192  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351523  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0557  NADH-quinone oxidoreductase chain L  32.29 
 
 
653 aa  191  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1535  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.26 
 
 
691 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4062  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  37.14 
 
 
691 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.697145  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>