More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1380 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1380  putative NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
524 aa  1005    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2651  putative NADH dehydrogenase  60.21 
 
 
542 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387844  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3854  NADH dehydrogenase (quinone)  44.16 
 
 
528 aa  377  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586232  unclonable  0.000014067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0653  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  49.35 
 
 
519 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2333  NADH dehydrogenase (quinone)  48.6 
 
 
519 aa  367  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1259  NADH dehydrogenase (quinone)  48.44 
 
 
519 aa  364  3e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0320  NADH Dehydrogenase Protein  51.3 
 
 
523 aa  359  8e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0566  NADH dehydrogenase (quinone)  43.13 
 
 
526 aa  356  3.9999999999999996e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.28147  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2889  NADH dehydrogenase (quinone)  42.64 
 
 
524 aa  356  5.999999999999999e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0216745 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00908  NADH dehydrogenase  48.21 
 
 
470 aa  348  2e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0559164  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5663  NADH dehydrogenase (quinone)  49.48 
 
 
519 aa  335  9e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170475  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0832  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  45.96 
 
 
516 aa  333  3e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.388774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3404  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  44.92 
 
 
523 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1662  NADH dehydrogenase, putative  38.57 
 
 
546 aa  290  6e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1359  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.86 
 
 
546 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0996  NADH/Ubiquinone/plastoquinone  40.18 
 
 
501 aa  253  6e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510949  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0133  NADH dehydrogenase (quinone)  40.53 
 
 
1382 aa  249  1e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2019  NADH dehydrogenase subunit L  52.13 
 
 
510 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202632  normal  0.0936538 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0212  NADH dehydrogenase (quinone)  41.01 
 
 
551 aa  242  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0853  NADH dehydrogenase subunit L  45.64 
 
 
518 aa  238  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1184  NADH dehydrogenase subunit L  37.5 
 
 
516 aa  227  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3799  NADH dehydrogenase subunit L  41.75 
 
 
537 aa  215  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.383274  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4557  NADH dehydrogenase subunit L  40.08 
 
 
527 aa  212  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.350402  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3485  NADH dehydrogenase subunit L  40.08 
 
 
527 aa  212  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.343885 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  48.41 
 
 
554 aa  212  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2655  NADH dehydrogenase  42.47 
 
 
559 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0909  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.18 
 
 
559 aa  195  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1132  NADH dehydrogenase (quinone)  34.9 
 
 
529 aa  193  8e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.86 
 
 
650 aa  192  9e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1414  NADH dehydrogenase (quinone)  37.43 
 
 
670 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0499245 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0881  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.03 
 
 
560 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.369591  normal  0.953685 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4327  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  44.44 
 
 
565 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.824343  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  38.73 
 
 
616 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  36.36 
 
 
616 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  44.44 
 
 
565 aa  188  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  38.03 
 
 
616 aa  187  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  37.32 
 
 
615 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
613 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.97 
 
 
613 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  36.97 
 
 
613 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.31 
 
 
770 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  38.63 
 
 
614 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
613 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  38.63 
 
 
614 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
613 aa  184  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1992  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.45 
 
 
566 aa  184  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.620412  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
613 aa  184  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
611 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  38.63 
 
 
614 aa  184  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
611 aa  184  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
613 aa  184  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
613 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  36.71 
 
 
636 aa  184  5.0000000000000004e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.97 
 
 
628 aa  183  6e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2802  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.7 
 
 
673 aa  183  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.57 
 
 
679 aa  183  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  38.28 
 
 
663 aa  183  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1274  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.59 
 
 
678 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.202313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.52 
 
 
675 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  37.18 
 
 
615 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0660  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  37.41 
 
 
687 aa  182  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3203  NADH dehydrogenase subunit L  36.02 
 
 
692 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161285  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.69 
 
 
710 aa  182  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.57 
 
 
642 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  35.92 
 
 
611 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1354  NADH dehydrogenase subunit L  37.37 
 
 
695 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0117862  normal  0.0417376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  35.92 
 
 
613 aa  181  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  36.36 
 
 
695 aa  180  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  35.92 
 
 
611 aa  181  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  35.92 
 
 
613 aa  181  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  35.92 
 
 
613 aa  181  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0938  NADH dehydrogenase subunit L  36.25 
 
 
692 aa  180  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  40.28 
 
 
613 aa  179  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.69 
 
 
618 aa  179  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  37.93 
 
 
768 aa  179  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  36.46 
 
 
617 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2051  NADH dehydrogenase subunit L  35.73 
 
 
686 aa  178  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1754  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.7 
 
 
656 aa  178  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  38.98 
 
 
662 aa  178  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3499  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.24 
 
 
676 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1512  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.59 
 
 
666 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00433523 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.31 
 
 
675 aa  177  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.01 
 
 
643 aa  177  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01298  NADH dehydrogenase subunit L  34.94 
 
 
719 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300532  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13177  NADH dehydrogenase subunit L  38.25 
 
 
633 aa  177  5e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3245  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.55 
 
 
678 aa  177  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211408  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0901  NADH dehydrogenase subunit L  36.21 
 
 
664 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0789  NADH dehydrogenase subunit L  33.33 
 
 
654 aa  177  6e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0323982  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0642  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  37.59 
 
 
770 aa  177  6e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2050  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.12 
 
 
670 aa  176  7e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.24 
 
 
758 aa  176  7e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  40.07 
 
 
654 aa  176  8e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1435  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.68 
 
 
674 aa  176  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.353757  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2203  NADH dehydrogenase subunit L  34.87 
 
 
686 aa  176  9e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786286  normal  0.908285 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0726  NADH dehydrogenase subunit L  35.36 
 
 
679 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.608468  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0424  NADH dehydrogenase subunit L  35.36 
 
 
679 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.523849  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1310  NADH dehydrogenase subunit L  35.36 
 
 
679 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1141  NADH dehydrogenase subunit L  35.36 
 
 
679 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1072  NADH dehydrogenase subunit L  35.09 
 
 
682 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0968  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.53 
 
 
672 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.159681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>