More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4733 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4733  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  100 
 
 
689 aa  1325    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0478983  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1357  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  84.33 
 
 
688 aa  1087    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592157  normal  0.205396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4061  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  64.69 
 
 
656 aa  682    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26931  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1336  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  83.89 
 
 
690 aa  1071    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1699  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.25 
 
 
700 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0618113  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0110  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 5  44.11 
 
 
700 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211688  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1746  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.11 
 
 
700 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.51 
 
 
618 aa  306  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.74 
 
 
618 aa  294  3e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  39.26 
 
 
613 aa  286  7e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1023  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.99 
 
 
662 aa  286  7e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.116112  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1117  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  43.82 
 
 
657 aa  283  7.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.752039  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3375  NADH dehydrogenase I, L subunit  40.17 
 
 
617 aa  282  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  37.59 
 
 
614 aa  280  8e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  37.59 
 
 
614 aa  280  8e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3207  NADH dehydrogenase subunit L  38.84 
 
 
617 aa  279  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000541221  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  37.41 
 
 
614 aa  279  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.62 
 
 
622 aa  277  4e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  46.15 
 
 
623 aa  276  6e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.21 
 
 
634 aa  276  7e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  38.68 
 
 
617 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1011  NADH dehydrogenase subunit L  44.2 
 
 
615 aa  273  7e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  36.47 
 
 
613 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29880  NADH dehydrogenase subunit L  42.09 
 
 
615 aa  271  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019108  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  36.49 
 
 
613 aa  270  5e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  36.49 
 
 
613 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  37.01 
 
 
611 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  41.21 
 
 
615 aa  270  7e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  36.66 
 
 
613 aa  270  8e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  36.66 
 
 
613 aa  270  8e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  36.66 
 
 
613 aa  270  8e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  37.01 
 
 
611 aa  270  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  37.66 
 
 
613 aa  270  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  40.68 
 
 
616 aa  270  8.999999999999999e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  37.66 
 
 
613 aa  270  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2559  NADH dehydrogenase subunit L  41.71 
 
 
615 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  37.66 
 
 
613 aa  270  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.66 
 
 
613 aa  269  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0594  NADH dehydrogenase subunit L  39.59 
 
 
624 aa  269  1e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0869223  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  38.85 
 
 
616 aa  270  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  39.02 
 
 
616 aa  269  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  38.25 
 
 
611 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  38.25 
 
 
611 aa  269  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  37.29 
 
 
613 aa  268  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0320  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.23 
 
 
666 aa  266  8e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3431  NADH dehydrogenase I, L subunit  45.9 
 
 
624 aa  265  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0583  NADH dehydrogenase subunit L  39.37 
 
 
624 aa  266  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1863  NADH dehydrogenase subunit L  38.68 
 
 
617 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.141943 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  36.74 
 
 
636 aa  265  3e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0168  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  47.03 
 
 
625 aa  264  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  35.12 
 
 
683 aa  264  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1736  NADH dehydrogenase subunit L  38.81 
 
 
617 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235558  normal  0.436531 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3701  NADH dehydrogenase subunit L  38.64 
 
 
617 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.36 
 
 
646 aa  262  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  36.45 
 
 
697 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2387  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.54 
 
 
666 aa  261  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00790686  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.61 
 
 
628 aa  261  4e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1919  NADH dehydrogenase subunit L  34.64 
 
 
596 aa  260  6e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0146018  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0708  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  45.27 
 
 
625 aa  260  6e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243064  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1739  NADH dehydrogenase subunit L  34.89 
 
 
596 aa  259  9e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.409991  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0192  NADH dehydrogenase subunit L  38.8 
 
 
610 aa  259  9e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1364  NADH dehydrogenase subunit L  34.82 
 
 
666 aa  259  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.703678  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  38.33 
 
 
612 aa  259  1e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.27 
 
 
642 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0151  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  46.02 
 
 
623 aa  259  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3613  NADH dehydrogenase subunit L  39.38 
 
 
617 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.703817  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  35.49 
 
 
701 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  34.32 
 
 
662 aa  259  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1235  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.36 
 
 
627 aa  258  2e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  40.7 
 
 
615 aa  258  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.19 
 
 
643 aa  258  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.96 
 
 
667 aa  257  4e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1553  NADH dehydrogenase subunit L  34.64 
 
 
596 aa  257  5e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00128293  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0901  NADH dehydrogenase subunit L  33.39 
 
 
664 aa  257  5e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1993  NADH dehydrogenase subunit L  37.85 
 
 
715 aa  257  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351523  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.82 
 
 
645 aa  256  7e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1876  NADH dehydrogenase subunit L  34.92 
 
 
688 aa  256  8e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.183339 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1689  NADH dehydrogenase subunit L  38.25 
 
 
624 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1189  NADH dehydrogenase subunit L  37.26 
 
 
720 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.495317  normal  0.332417 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  34.25 
 
 
688 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  40.62 
 
 
620 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2527  NADH dehydrogenase subunit L  37.26 
 
 
720 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.2 
 
 
631 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.8 
 
 
710 aa  254  3e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2874  NADH dehydrogenase subunit L  35.69 
 
 
697 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.429312  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0214  NADH dehydrogenase I chain L  44.59 
 
 
616 aa  253  8.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  34.09 
 
 
663 aa  253  9.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.23 
 
 
656 aa  253  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2289  NADH dehydrogenase subunit L  37.56 
 
 
689 aa  251  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.58 
 
 
641 aa  251  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.05 
 
 
642 aa  250  5e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.16 
 
 
667 aa  250  6e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0758  NADH dehydrogenase subunit L  35.15 
 
 
706 aa  250  8e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3298  NADH dehydrogenase subunit L  42.29 
 
 
615 aa  249  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.982229  normal  0.619241 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1305  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.58 
 
 
676 aa  249  1e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.674922  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4156  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.58 
 
 
676 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0322847 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1518  NADH dehydrogenase subunit L  39.84 
 
 
613 aa  249  1e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.282876  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0292  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  38.78 
 
 
642 aa  249  1e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.14 
 
 
630 aa  248  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.8 
 
 
624 aa  249  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>